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https://github.com/BioArchLinux/Packages.git
synced 2025-03-10 12:02:42 +00:00
r-*: refresh depends
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sukanka
parent
3b7bd16e9c
commit
08edec39b7
22 changed files with 60 additions and 45 deletions
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@ -4,7 +4,7 @@ _pkgname=bestNormalize
|
|||
_pkgver=1.9.0
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=1.9.0
|
||||
pkgrel=1
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc='Normalizing Transformation Functions'
|
||||
arch=('any')
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -16,6 +16,7 @@ depends=(
|
|||
r-dorng
|
||||
r-dplyr
|
||||
r-foreach
|
||||
r-generics
|
||||
r-lambertw
|
||||
r-nortest
|
||||
r-purrr
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -7,6 +7,7 @@ repo_depends:
|
|||
- r-dorng
|
||||
- r-dplyr
|
||||
- r-foreach
|
||||
- r-generics
|
||||
- r-lambertw
|
||||
- r-nortest
|
||||
- r-purrr
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,7 +4,7 @@ _pkgname=broom
|
|||
_pkgver=1.0.4
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=1.0.4
|
||||
pkgrel=1
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc='Convert Statistical Objects into Tidy Tibbles'
|
||||
arch=('any')
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -16,6 +16,7 @@ depends=(
|
|||
r-ellipsis
|
||||
r-generics
|
||||
r-glue
|
||||
r-lifecycle
|
||||
r-purrr
|
||||
r-rlang
|
||||
r-stringr
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -8,6 +8,7 @@ repo_depends:
|
|||
- r-ellipsis
|
||||
- r-generics
|
||||
- r-glue
|
||||
- r-lifecycle
|
||||
- r-purrr
|
||||
- r-rlang
|
||||
- r-stringr
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,7 +4,7 @@ _pkgname=clusterCrit
|
|||
_pkgver=1.2.8
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=1.2.8
|
||||
pkgrel=6
|
||||
pkgrel=7
|
||||
pkgdesc='Clustering Indices'
|
||||
arch=('x86_64')
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -17,7 +17,7 @@ optdepends=(
|
|||
r-rbenchmark
|
||||
r-runit
|
||||
)
|
||||
source=("https://cran.r-project.org/src/contrib/${_pkgname}_${_pkgver}.tar.gz")
|
||||
source=("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/${_pkgname}/${_pkgname}_${_pkgver}.tar.gz")
|
||||
sha256sums=('f375d68b94e5b473c94a439abb15559003b331b84fd93efc1475ae36e30aff82')
|
||||
|
||||
build() {
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -5,5 +5,5 @@ maintainers:
|
|||
update_on:
|
||||
- regex: clusterCrit_([\d._-]+).tar.gz
|
||||
source: regex
|
||||
url: https://cran.r-project.org/package=clusterCrit
|
||||
url: https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/clusterCrit
|
||||
- alias: r
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,7 +4,7 @@ _pkgname=geneplast
|
|||
_pkgver=1.24.1
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=1.24.1
|
||||
pkgrel=1
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc='Evolutionary and plasticity analysis of orthologous groups'
|
||||
arch=('any')
|
||||
url="https://bioconductor.org/packages/${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -20,6 +20,7 @@ optdepends=(
|
|||
r-biocgenerics
|
||||
r-biocstyle
|
||||
r-fletcher2013b
|
||||
r-geneplast.data
|
||||
r-geneplast.data.string.v91
|
||||
r-ggplot2
|
||||
r-ggpubr
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,7 +4,7 @@ _pkgname=golem
|
|||
_pkgver=0.4.0
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=0.4.0
|
||||
pkgrel=1
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc='A Framework for Robust Shiny Applications'
|
||||
arch=('any')
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -12,39 +12,39 @@ license=('MIT')
|
|||
depends=(
|
||||
r
|
||||
r-attempt
|
||||
r-cli
|
||||
r-config
|
||||
r-crayon
|
||||
r-desc
|
||||
r-fs
|
||||
r-here
|
||||
r-htmltools
|
||||
r-pkgload
|
||||
r-roxygen2
|
||||
r-rstudioapi
|
||||
r-rlang
|
||||
r-shiny
|
||||
r-usethis
|
||||
r-yaml
|
||||
)
|
||||
optdepends=(
|
||||
r-attachment
|
||||
r-cli
|
||||
r-covr
|
||||
r-crayon
|
||||
r-desc
|
||||
r-devtools
|
||||
r-dockerfiler
|
||||
r-fs
|
||||
r-knitr
|
||||
r-pkgbuild
|
||||
r-pkgdown
|
||||
r-pkgload
|
||||
r-processx
|
||||
r-purrr
|
||||
r-rcmdcheck
|
||||
r-renv
|
||||
r-rlang
|
||||
r-rmarkdown
|
||||
r-roxygen2
|
||||
r-rsconnect
|
||||
r-rstudioapi
|
||||
r-spelling
|
||||
r-stringr
|
||||
r-testthat
|
||||
r-tools
|
||||
r-usethis
|
||||
r-withr
|
||||
)
|
||||
source=("https://cran.r-project.org/src/contrib/${_pkgname}_${_pkgver}.tar.gz")
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,18 +4,11 @@ maintainers:
|
|||
email: kuoi@bioarchlinux.org
|
||||
repo_depends:
|
||||
- r-attempt
|
||||
- r-cli
|
||||
- r-config
|
||||
- r-crayon
|
||||
- r-desc
|
||||
- r-fs
|
||||
- r-here
|
||||
- r-htmltools
|
||||
- r-pkgload
|
||||
- r-roxygen2
|
||||
- r-rstudioapi
|
||||
- r-rlang
|
||||
- r-shiny
|
||||
- r-usethis
|
||||
- r-yaml
|
||||
update_on:
|
||||
- regex: golem_([\d._-]+).tar.gz
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,13 +4,17 @@ _pkgname=gtable
|
|||
_pkgver=0.3.1
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=0.3.1
|
||||
pkgrel=1
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc="Arrange 'Grobs' in Tables"
|
||||
arch=('any')
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
license=('GPL')
|
||||
depends=(
|
||||
r
|
||||
r-cli
|
||||
r-glue
|
||||
r-lifecycle
|
||||
r-rlang
|
||||
)
|
||||
optdepends=(
|
||||
r-covr
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -7,3 +7,8 @@ update_on:
|
|||
source: regex
|
||||
url: https://cran.r-project.org/package=gtable
|
||||
- alias: r
|
||||
repo_depends:
|
||||
- r-cli
|
||||
- r-glue
|
||||
- r-lifecycle
|
||||
- r-rlang
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,7 +4,7 @@ _pkgname=Hmisc
|
|||
_pkgver=5.0-1
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=5.0.1
|
||||
pkgrel=1
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc='Harrell Miscellaneous'
|
||||
arch=('x86_64')
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -21,7 +21,6 @@ depends=(
|
|||
r-htmltable
|
||||
r-htmltools
|
||||
r-knitr
|
||||
r-latticeextra
|
||||
r-rmarkdown
|
||||
r-viridis
|
||||
)
|
||||
|
|
@ -31,6 +30,8 @@ optdepends=(
|
|||
r-chron
|
||||
r-digest
|
||||
r-kableextra
|
||||
r-lattice
|
||||
r-latticeextra
|
||||
r-leaps
|
||||
r-mice
|
||||
r-parallel
|
||||
|
|
@ -43,6 +44,7 @@ optdepends=(
|
|||
r-rlang
|
||||
r-rms
|
||||
r-rstudioapi
|
||||
r-survival
|
||||
r-tables
|
||||
r-vgam
|
||||
)
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -13,7 +13,6 @@ repo_depends:
|
|||
- r-htmltable
|
||||
- r-htmltools
|
||||
- r-knitr
|
||||
- r-latticeextra
|
||||
- r-rmarkdown
|
||||
- r-viridis
|
||||
update_on:
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,7 +4,7 @@ _pkgname=insight
|
|||
_pkgver=0.19.1
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=0.19.1
|
||||
pkgrel=1
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc='Easy Access to Model Information for Various Model Objects'
|
||||
arch=('any')
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -72,6 +72,8 @@ optdepends=(
|
|||
r-mcmcglmm
|
||||
r-mertools
|
||||
r-metabma
|
||||
r-metafor
|
||||
r-metaplus
|
||||
r-mgcv
|
||||
r-mhurdle
|
||||
r-mice
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,7 +4,7 @@ _pkgname=learnr
|
|||
_pkgver=0.11.3
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=0.11.3
|
||||
pkgrel=1
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc='Interactive Tutorials for R'
|
||||
arch=('any')
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -32,6 +32,7 @@ depends=(
|
|||
r-withr
|
||||
)
|
||||
optdepends=(
|
||||
r-bslib
|
||||
r-callr
|
||||
r-dbi
|
||||
r-httpuv
|
||||
|
|
@ -40,6 +41,7 @@ optdepends=(
|
|||
r-rsqlite
|
||||
r-rstudioapi
|
||||
r-shinytest2
|
||||
r-sortable
|
||||
r-testthat
|
||||
)
|
||||
source=("https://cran.r-project.org/src/contrib/${_pkgname}_${_pkgver}.tar.gz")
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,7 +4,7 @@ _pkgname=metafor
|
|||
_pkgver=3.8-1
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=3.8.1
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgrel=4
|
||||
pkgdesc='Meta-Analysis Package for R'
|
||||
arch=('any')
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -12,8 +12,9 @@ license=('GPL')
|
|||
depends=(
|
||||
r
|
||||
r-mathjaxr
|
||||
r-pbapply
|
||||
r-metadat
|
||||
r-numderiv
|
||||
r-pbapply
|
||||
)
|
||||
optdepends=(
|
||||
r-alabama
|
||||
|
|
@ -25,22 +26,26 @@ optdepends=(
|
|||
r-compquadform
|
||||
r-crayon
|
||||
r-dfoptim
|
||||
r-emmeans
|
||||
r-epi
|
||||
r-estmeansd
|
||||
r-glmmadaptive
|
||||
r-glmmtmb
|
||||
r-gsl
|
||||
r-lbfgsb3c
|
||||
r-lme4
|
||||
r-metablue
|
||||
r-minqa
|
||||
r-multcomp
|
||||
r-mvtnorm
|
||||
r-nloptr
|
||||
r-numderiv
|
||||
r-optimparallel
|
||||
r-pracma
|
||||
r-r.rsp
|
||||
r-rcgmin
|
||||
r-rmarkdown
|
||||
r-rsolnp
|
||||
r-rvmmin
|
||||
r-sp
|
||||
r-subplex
|
||||
r-survival
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -5,6 +5,7 @@ maintainers:
|
|||
repo_depends:
|
||||
- r-mathjaxr
|
||||
- r-metadat
|
||||
- r-numderiv
|
||||
- r-pbapply
|
||||
update_on:
|
||||
- regex: metafor_([\d._-]+).tar.gz
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,7 +4,7 @@ _pkgname=motifbreakR
|
|||
_pkgver=2.12.3
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=2.12.3
|
||||
pkgrel=1
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc='A Package For Predicting The Disruptiveness Of Single Nucleotide Polymorphisms On Transcription Factor Binding Sites'
|
||||
arch=('any')
|
||||
url="https://bioconductor.org/packages/${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -35,8 +35,7 @@ optdepends=(
|
|||
r-bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19
|
||||
r-knitr
|
||||
r-rmarkdown
|
||||
r-snplocs.hsapiens.dbsnp.20120608
|
||||
r-snplocs.hsapiens.dbsnp142.grch37
|
||||
r-snplocs.hsapiens.dbsnp155.grch37
|
||||
)
|
||||
source=("https://bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/${_pkgname}_${_pkgver}.tar.gz")
|
||||
sha256sums=('519bd06cebb6c5c669a5ed478374795d635fa6420efb2d2450584fe58dd87d1c')
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -5,7 +5,7 @@ _pkgname=RoBMA
|
|||
_pkgver=2.3.2
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=2.3.2
|
||||
pkgrel=1
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc='Robust Bayesian Meta-Analyses'
|
||||
arch=('x86_64')
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -14,14 +14,12 @@ depends=(
|
|||
jags
|
||||
r
|
||||
r-bayestools
|
||||
r-bridgesampling
|
||||
r-coda
|
||||
r-extradistr
|
||||
r-ggplot2
|
||||
r-mvtnorm
|
||||
r-psych
|
||||
r-rdpack
|
||||
r-rjags
|
||||
r-rlang
|
||||
r-runjags
|
||||
r-scales
|
||||
)
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,14 +4,12 @@ maintainers:
|
|||
repo_depends:
|
||||
- jags
|
||||
- r-bayestools
|
||||
- r-bridgesampling
|
||||
- r-coda
|
||||
- r-extradistr
|
||||
- r-ggplot2
|
||||
- r-mvtnorm
|
||||
- r-psych
|
||||
- r-rdpack
|
||||
- r-rjags
|
||||
- r-rlang
|
||||
- r-runjags
|
||||
- r-scales
|
||||
update_on:
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,7 +4,7 @@ _pkgname=spatstat.random
|
|||
_pkgver=3.1-4
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=3.1.4
|
||||
pkgrel=1
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc="Random Generation Functionality for the 'spatstat' Family"
|
||||
arch=('x86_64')
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -16,6 +16,7 @@ depends=(
|
|||
r-spatstat.utils
|
||||
)
|
||||
optdepends=(
|
||||
r-gsl
|
||||
r-randomfields
|
||||
r-randomfieldsutils
|
||||
r-spatial
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,7 +4,7 @@ _pkgname=tibble
|
|||
_pkgver=3.2.1
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=3.2.1
|
||||
pkgrel=1
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc='Simple Data Frames'
|
||||
arch=('x86_64')
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -33,6 +33,7 @@ optdepends=(
|
|||
r-evaluate
|
||||
r-formattable
|
||||
r-ggplot2
|
||||
r-here
|
||||
r-hms
|
||||
r-htmltools
|
||||
r-knitr
|
||||
|
|
|
|||
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