mirror of
https://github.com/BioArchLinux/Packages.git
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Pekka Ristola
parent
b02a53439d
commit
d27a65872c
259 changed files with 203 additions and 782 deletions
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@ -4,7 +4,7 @@ _pkgname=AER
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_pkgver=1.2-10
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc="Applied Econometrics with R"
|
||||
arch=(any)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
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@ -17,20 +17,13 @@ depends=(
|
|||
r-zoo
|
||||
)
|
||||
optdepends=(
|
||||
r-boot
|
||||
r-dynlm
|
||||
r-effects
|
||||
r-fgarch
|
||||
r-forecast
|
||||
r-foreign
|
||||
r-ineq
|
||||
r-kernsmooth
|
||||
r-lattice
|
||||
r-longmemo
|
||||
r-mass
|
||||
r-mlogit
|
||||
r-nlme
|
||||
r-nnet
|
||||
r-np
|
||||
r-plm
|
||||
r-pscl
|
||||
|
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|
|||
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@ -4,7 +4,7 @@ _pkgname=AHMassBank
|
|||
_pkgver=1.0.0
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc="MassBank Annotation Resources for AnnotationHub"
|
||||
arch=(any)
|
||||
url="https://bioconductor.org/packages/${_pkgname}"
|
||||
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@ -17,7 +17,6 @@ optdepends=(
|
|||
r-biocstyle
|
||||
r-compounddb
|
||||
r-knitr
|
||||
r-methods
|
||||
r-rmarkdown
|
||||
)
|
||||
source=("https://bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/${_pkgname}_${_pkgver}.tar.gz")
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,20 +4,19 @@ _pkgname=alabaster.base
|
|||
_pkgver=1.0.0
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc="Save Bioconductor Objects To File"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://bioconductor.org/packages/${_pkgname}"
|
||||
license=(MIT)
|
||||
depends=(
|
||||
zlib
|
||||
r-alabaster.schemas
|
||||
r-jsonlite
|
||||
r-jsonvalidate
|
||||
r-rcpp
|
||||
r-rhdf5
|
||||
r-rhdf5lib
|
||||
r-s4vectors
|
||||
zlib
|
||||
)
|
||||
makedepends=(
|
||||
r-rhdf5lib
|
||||
|
|
@ -29,7 +28,6 @@ optdepends=(
|
|||
r-biocstyle
|
||||
r-digest
|
||||
r-knitr
|
||||
r-matrix
|
||||
r-rmarkdown
|
||||
r-testthat
|
||||
)
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -8,7 +8,6 @@ repo_depends:
|
|||
- r-jsonvalidate
|
||||
- r-rcpp
|
||||
- r-rhdf5
|
||||
- r-rhdf5lib
|
||||
- r-s4vectors
|
||||
repo_makedepends:
|
||||
- r-rhdf5lib
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,28 +4,27 @@ _pkgname=alabaster.matrix
|
|||
_pkgver=1.0.0
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc="Load and Save Artifacts from File"
|
||||
arch=(any)
|
||||
url="https://bioconductor.org/packages/${_pkgname}"
|
||||
license=(MIT)
|
||||
depends=(
|
||||
r-alabaster.base
|
||||
r-biocgenerics
|
||||
r-delayedarray
|
||||
r-hdf5array
|
||||
r-rhdf5
|
||||
r-s4vectors
|
||||
r-sparsearray
|
||||
)
|
||||
checkdepends=(
|
||||
r-chihaya
|
||||
r-testthat
|
||||
)
|
||||
optdepends=(
|
||||
r-biocgenerics
|
||||
r-biocstyle
|
||||
r-chihaya
|
||||
r-knitr
|
||||
r-s4vectors
|
||||
r-testthat
|
||||
)
|
||||
source=("https://bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/${_pkgname}_${_pkgver}.tar.gz")
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,12 +4,9 @@ maintainers:
|
|||
email: pekkarr@protonmail.com
|
||||
repo_depends:
|
||||
- r-alabaster.base
|
||||
- r-biocgenerics
|
||||
- r-delayedarray
|
||||
- r-hdf5array
|
||||
- r-rhdf5
|
||||
- r-s4vectors
|
||||
- r-sparsearray
|
||||
repo_makedepends:
|
||||
- r-chihaya
|
||||
- r-testthat
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,7 +4,7 @@ _pkgname=alabaster.spatial
|
|||
_pkgver=1.0.0
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc="Save and Load Spatial 'Omics Data to/from File"
|
||||
arch=(any)
|
||||
url="https://bioconductor.org/packages/${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -24,7 +24,6 @@ checkdepends=(
|
|||
optdepends=(
|
||||
r-biocstyle
|
||||
r-digest
|
||||
r-dropletutils
|
||||
r-knitr
|
||||
r-magick
|
||||
r-png
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -6,7 +6,7 @@ _pkgname=AnnotationDbi
|
|||
_pkgver=1.64.0
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgrel=1
|
||||
pkgdesc="Manipulation of SQLite-based annotations in Bioconductor"
|
||||
arch=(any)
|
||||
url="https://bioconductor.org/packages/${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -34,7 +34,6 @@ optdepends=(
|
|||
r-reactome.db
|
||||
r-runit
|
||||
r-txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene
|
||||
r-utils
|
||||
)
|
||||
source=("https://bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/${_pkgname}_${_pkgver}.tar.gz")
|
||||
md5sums=('8fc5d588e8ad00911d07990484a9cff6')
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -6,13 +6,12 @@ _pkgname=anytime
|
|||
_pkgver=0.3.9
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=5
|
||||
pkgrel=4
|
||||
pkgdesc="Anything to 'POSIXct' or 'Date' Converter"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
license=(GPL)
|
||||
depends=(
|
||||
r-bh
|
||||
r-rcpp
|
||||
)
|
||||
makedepends=(
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -3,7 +3,6 @@ maintainers:
|
|||
- github: pekkarr
|
||||
email: pekkarr@protonmail.com
|
||||
repo_depends:
|
||||
- r-bh
|
||||
- r-rcpp
|
||||
repo_makedepends:
|
||||
- r-bh
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,7 +4,7 @@ _pkgname=archive
|
|||
_pkgver=1.1.6
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc="Multi-Format Archive and Compression Support"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -12,7 +12,6 @@ license=(MIT)
|
|||
depends=(
|
||||
libarchive
|
||||
r-cli
|
||||
r-cpp11
|
||||
r-glue
|
||||
r-rlang
|
||||
r-tibble
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,7 +4,6 @@ maintainers:
|
|||
email: pekkarr@protonmail.com
|
||||
repo_depends:
|
||||
- r-cli
|
||||
- r-cpp11
|
||||
- r-glue
|
||||
- r-rlang
|
||||
- r-tibble
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -5,7 +5,7 @@ _pkgname=bamlss
|
|||
_pkgver=1.2-1
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgrel=1
|
||||
pkgdesc="Bayesian Additive Models for Location, Scale, and Shape (and Beyond)"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -35,8 +35,6 @@ optdepends=(
|
|||
r-knitr
|
||||
r-mapdata
|
||||
r-maps
|
||||
r-mass
|
||||
r-nnet
|
||||
r-rjags
|
||||
r-rmarkdown
|
||||
r-scoringrules
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -8,7 +8,7 @@ _pkgname=base64enc
|
|||
_pkgver=0.1-3
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=11
|
||||
pkgrel=10
|
||||
pkgdesc="Tools for base64 encoding"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -16,9 +16,6 @@ license=(GPL)
|
|||
depends=(
|
||||
r
|
||||
)
|
||||
optdepends=(
|
||||
r-png
|
||||
)
|
||||
source=("https://cran.r-project.org/src/contrib/${_pkgname}_${_pkgver}.tar.gz")
|
||||
md5sums=('0f476dacdd11a3e0ad56d13f5bc2f190')
|
||||
sha256sums=('6d856d8a364bcdc499a0bf38bfd283b7c743d08f0b288174fba7dbf0a04b688d')
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -5,7 +5,7 @@ _pkgname=bayesm
|
|||
_pkgver=3.1-6
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc="Bayesian Inference for Marketing/Micro-Econometrics"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -14,7 +14,6 @@ depends=(
|
|||
blas
|
||||
lapack
|
||||
r-rcpp
|
||||
r-rcpparmadillo
|
||||
)
|
||||
makedepends=(
|
||||
r-rcpparmadillo
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,7 +4,6 @@ maintainers:
|
|||
email: pekkarr@protonmail.com
|
||||
repo_depends:
|
||||
- r-rcpp
|
||||
- r-rcpparmadillo
|
||||
repo_makedepends:
|
||||
- r-rcpparmadillo
|
||||
update_on:
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -5,7 +5,7 @@ _pkgname=benchdamic
|
|||
_pkgver=1.6.4
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgrel=1
|
||||
pkgdesc="Benchmark of differential abundance methods on microbiome data"
|
||||
arch=(any)
|
||||
url="https://bioconductor.org/packages/${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -30,7 +30,6 @@ depends=(
|
|||
r-metagenomeseq
|
||||
r-mglm
|
||||
r-microbiomestat
|
||||
r-mixomics
|
||||
r-noiseq
|
||||
r-phyloseq
|
||||
r-plyr
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -22,7 +22,6 @@ repo_depends:
|
|||
- r-metagenomeseq
|
||||
- r-mglm
|
||||
- r-microbiomestat
|
||||
- r-mixomics
|
||||
- r-noiseq
|
||||
- r-phyloseq
|
||||
- r-plyr
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -5,20 +5,15 @@ _pkgname=biganalytics
|
|||
_pkgver=1.1.21
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=8
|
||||
pkgrel=7
|
||||
pkgdesc="Utilities for 'big.matrix' Objects from Package 'bigmemory'"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
license=(Apache LGPL3)
|
||||
depends=(
|
||||
r-bh
|
||||
r-biglm
|
||||
r-bigmemory
|
||||
r-foreach
|
||||
r-rcpp
|
||||
)
|
||||
optdepends=(
|
||||
r-methods
|
||||
)
|
||||
makedepends=(
|
||||
r-bh
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -3,11 +3,9 @@ maintainers:
|
|||
- github: pekkarr
|
||||
email: pekkarr@protonmail.com
|
||||
repo_depends:
|
||||
- r-bh
|
||||
- r-biglm
|
||||
- r-bigmemory
|
||||
- r-foreach
|
||||
- r-rcpp
|
||||
repo_makedepends:
|
||||
- r-bh
|
||||
- r-rcpp
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -5,13 +5,12 @@ _pkgname=bigmemory
|
|||
_pkgver=4.6.1
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=7
|
||||
pkgrel=6
|
||||
pkgdesc="Manage Massive Matrices with Shared Memory and Memory-Mapped Files"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
license=(Apache LGPL3)
|
||||
depends=(
|
||||
r-bh
|
||||
r-bigmemory.sri
|
||||
r-rcpp
|
||||
r-uuid
|
||||
|
|
@ -23,8 +22,6 @@ checkdepends=(
|
|||
r-testthat
|
||||
)
|
||||
optdepends=(
|
||||
r-biganalytics
|
||||
r-bigtabulate
|
||||
r-remotes
|
||||
r-testthat
|
||||
)
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -3,7 +3,6 @@ maintainers:
|
|||
- github: pekkarr
|
||||
email: pekkarr@protonmail.com
|
||||
repo_depends:
|
||||
- r-bh
|
||||
- r-bigmemory.sri
|
||||
- r-rcpp
|
||||
- r-uuid
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -8,14 +8,12 @@ _pkgname=BiocParallel
|
|||
_pkgver=1.36.0
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgrel=1
|
||||
pkgdesc="Bioconductor facilities for parallel evaluation"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://bioconductor.org/packages/${_pkgname}"
|
||||
license=(GPL)
|
||||
depends=(
|
||||
r-bh
|
||||
r-cpp11
|
||||
r-futile.logger
|
||||
r-snow
|
||||
)
|
||||
|
|
@ -34,12 +32,10 @@ optdepends=(
|
|||
r-genomicalignments
|
||||
r-genomicranges
|
||||
r-knitr
|
||||
r-rmpi
|
||||
r-rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14
|
||||
r-rsamtools
|
||||
r-runit
|
||||
r-shortread
|
||||
r-tools
|
||||
r-txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene
|
||||
r-variantannotation
|
||||
)
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -3,8 +3,6 @@ maintainers:
|
|||
- github: pekkarr
|
||||
email: pekkarr@protonmail.com
|
||||
repo_depends:
|
||||
- r-bh
|
||||
- r-cpp11
|
||||
- r-futile.logger
|
||||
- r-snow
|
||||
repo_makedepends:
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -5,7 +5,7 @@ _pkgname=biodb
|
|||
_pkgver=1.10.0
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgrel=1
|
||||
pkgdesc="biodb, a library and a development framework for connecting to chemical and biological databases"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://bioconductor.org/packages/${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -26,7 +26,6 @@ depends=(
|
|||
r-rcurl
|
||||
r-rsqlite
|
||||
r-stringr
|
||||
r-testthat
|
||||
r-withr
|
||||
r-xml
|
||||
r-yaml
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -18,7 +18,6 @@ repo_depends:
|
|||
- r-rcurl
|
||||
- r-rsqlite
|
||||
- r-stringr
|
||||
- r-testthat
|
||||
- r-withr
|
||||
- r-xml
|
||||
- r-yaml
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -5,7 +5,7 @@ _pkgname=biodbHmdb
|
|||
_pkgver=1.8.0
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgrel=1
|
||||
pkgdesc="biodbHmdb, a library for connecting to the HMDB Database"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://bioconductor.org/packages/${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -14,7 +14,6 @@ depends=(
|
|||
r-biodb
|
||||
r-r6
|
||||
r-rcpp
|
||||
r-testthat
|
||||
r-zip
|
||||
)
|
||||
makedepends=(
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -6,7 +6,6 @@ repo_depends:
|
|||
- r-biodb
|
||||
- r-r6
|
||||
- r-rcpp
|
||||
- r-testthat
|
||||
- r-zip
|
||||
repo_makedepends:
|
||||
- r-testthat
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -5,7 +5,7 @@ _pkgname=BUSpaRse
|
|||
_pkgver=1.14.1
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc="kallisto | bustools R utilities"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://bioconductor.org/packages/${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -13,7 +13,6 @@ license=(BSD)
|
|||
depends=(
|
||||
r-annotationdbi
|
||||
r-annotationfilter
|
||||
r-bh
|
||||
r-biocgenerics
|
||||
r-biomart
|
||||
r-biostrings
|
||||
|
|
@ -28,8 +27,6 @@ depends=(
|
|||
r-magrittr
|
||||
r-plyranges
|
||||
r-rcpp
|
||||
r-rcpparmadillo
|
||||
r-rcppprogress
|
||||
r-s4vectors
|
||||
r-stringr
|
||||
r-tibble
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -5,7 +5,6 @@ maintainers:
|
|||
repo_depends:
|
||||
- r-annotationdbi
|
||||
- r-annotationfilter
|
||||
- r-bh
|
||||
- r-biocgenerics
|
||||
- r-biomart
|
||||
- r-biostrings
|
||||
|
|
@ -20,8 +19,6 @@ repo_depends:
|
|||
- r-magrittr
|
||||
- r-plyranges
|
||||
- r-rcpp
|
||||
- r-rcpparmadillo
|
||||
- r-rcppprogress
|
||||
- r-s4vectors
|
||||
- r-stringr
|
||||
- r-tibble
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -5,7 +5,7 @@ _pkgname=Cairo
|
|||
_pkgver=1.6-1
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=4
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgdesc="R Graphics Device using Cairo Graphics Library for Creating High-Quality Bitmap (PNG, JPEG, TIFF), Vector (PDF, SVG, PostScript) and Display (X11 and Win32) Output"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -22,7 +22,6 @@ depends=(
|
|||
r
|
||||
)
|
||||
optdepends=(
|
||||
r-fastrweb
|
||||
r-png
|
||||
)
|
||||
source=("https://cran.r-project.org/src/contrib/${_pkgname}_${_pkgver}.tar.gz")
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -9,7 +9,7 @@ _pkgname=car
|
|||
_pkgver=3.1-2
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=4
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgdesc="Companion to Applied Regression"
|
||||
arch=(any)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -24,13 +24,11 @@ depends=(
|
|||
)
|
||||
optdepends=(
|
||||
r-alr4
|
||||
r-boot
|
||||
r-coxme
|
||||
r-effects
|
||||
r-knitr
|
||||
r-leaps
|
||||
r-lmtest
|
||||
r-matrix
|
||||
r-matrixmodels
|
||||
r-mvtnorm
|
||||
r-rgl
|
||||
|
|
@ -38,7 +36,6 @@ optdepends=(
|
|||
r-sandwich
|
||||
r-sparsem
|
||||
r-survey
|
||||
r-survival
|
||||
)
|
||||
source=("https://cran.r-project.org/src/contrib/${_pkgname}_${_pkgver}.tar.gz")
|
||||
md5sums=('f8be85a665aa367951aacf80d89eb5e9')
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -9,7 +9,7 @@ _pkgname=caret
|
|||
_pkgver=6.0-94
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=4
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgdesc="Classification and Regression Training"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -49,13 +49,9 @@ optdepends=(
|
|||
r-kernlab
|
||||
r-klar
|
||||
r-knitr
|
||||
r-mass
|
||||
r-matrix
|
||||
r-mda
|
||||
r-mgcv
|
||||
r-mlbench
|
||||
r-mlmetrics
|
||||
r-nnet
|
||||
r-pamr
|
||||
r-party
|
||||
r-pls
|
||||
|
|
@ -63,7 +59,6 @@ optdepends=(
|
|||
r-randomforest
|
||||
r-rann
|
||||
r-rmarkdown
|
||||
r-rpart
|
||||
r-spls
|
||||
r-subselect
|
||||
r-superpc
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -8,7 +8,7 @@ _pkgname=caTools
|
|||
_pkgver=1.18.2
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=10
|
||||
pkgrel=9
|
||||
pkgdesc="Tools: Moving Window Statistics, GIF, Base64, ROC AUC, etc"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -16,10 +16,6 @@ license=(GPL3)
|
|||
depends=(
|
||||
r-bitops
|
||||
)
|
||||
optdepends=(
|
||||
r-mass
|
||||
r-rpart
|
||||
)
|
||||
source=("https://cran.r-project.org/src/contrib/${_pkgname}_${_pkgver}.tar.gz")
|
||||
md5sums=('c95edd3f71a8fe1ad2cfd0ae274ad9ab')
|
||||
sha256sums=('75d61115afec754b053ed1732cc034f2aeb27b13e6e1932aa0f26bf590cf0293')
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -5,13 +5,12 @@ _pkgname=CellBarcode
|
|||
_pkgver=1.6.0
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc="Cellular DNA Barcode Analysis toolkit"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://bioconductor.org/packages/${_pkgname}"
|
||||
license=(MIT)
|
||||
depends=(
|
||||
r-bh
|
||||
r-biostrings
|
||||
r-ckmeans.1d.dp
|
||||
r-data.table
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -3,7 +3,6 @@ maintainers:
|
|||
- github: pekkarr
|
||||
email: pekkarr@protonmail.com
|
||||
repo_depends:
|
||||
- r-bh
|
||||
- r-biostrings
|
||||
- r-ckmeans.1d.dp
|
||||
- r-data.table
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -5,14 +5,13 @@ _pkgname=ChemmineOB
|
|||
_pkgver=1.40.0
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgrel=1
|
||||
pkgdesc="R interface to a subset of OpenBabel functionalities"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://bioconductor.org/packages/${_pkgname}"
|
||||
license=(Artistic2.0 GPL3)
|
||||
depends=(
|
||||
openbabel
|
||||
r-bh
|
||||
r-biocgenerics
|
||||
r-rcpp
|
||||
r-zlibbioc
|
||||
|
|
@ -29,7 +28,6 @@ optdepends=(
|
|||
r-biocmanager
|
||||
r-biocstyle
|
||||
r-chemminer
|
||||
r-chemminer
|
||||
r-knitr
|
||||
r-knitrbootstrap
|
||||
r-rmarkdown
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -3,7 +3,6 @@ maintainers:
|
|||
- github: pekkarr
|
||||
email: pekkarr@protonmail.com
|
||||
repo_depends:
|
||||
- r-bh
|
||||
- r-biocgenerics
|
||||
- r-rcpp
|
||||
- r-zlibbioc
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -5,14 +5,13 @@ _pkgname=ChemmineR
|
|||
_pkgver=3.54.0
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgrel=1
|
||||
pkgdesc="Cheminformatics Toolkit for R"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://bioconductor.org/packages/${_pkgname}"
|
||||
license=(Artistic2.0)
|
||||
depends=(
|
||||
r-base64enc
|
||||
r-bh
|
||||
r-biocgenerics
|
||||
r-dbi
|
||||
r-digest
|
||||
|
|
@ -41,13 +40,11 @@ optdepends=(
|
|||
r-biocmanager
|
||||
r-biocstyle
|
||||
r-chemminedrugs
|
||||
r-chemmineob
|
||||
r-fmcsr
|
||||
r-gplots
|
||||
r-knitcitations
|
||||
r-knitr
|
||||
r-knitrbootstrap
|
||||
r-png
|
||||
r-rmarkdown
|
||||
r-rpostgresql
|
||||
r-rsqlite
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,7 +4,6 @@ maintainers:
|
|||
email: pekkarr@protonmail.com
|
||||
repo_depends:
|
||||
- r-base64enc
|
||||
- r-bh
|
||||
- r-biocgenerics
|
||||
- r-dbi
|
||||
- r-digest
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -5,7 +5,7 @@ _pkgname=CHETAH
|
|||
_pkgver=1.16.0
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc="Fast and accurate scRNA-seq cell type identification"
|
||||
arch=(any)
|
||||
url="https://bioconductor.org/packages/${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -30,7 +30,6 @@ checkdepends=(
|
|||
)
|
||||
optdepends=(
|
||||
r-knitr
|
||||
r-matrix
|
||||
r-rmarkdown
|
||||
r-testthat
|
||||
r-vdiffr
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,18 +4,17 @@ _pkgname=chihaya
|
|||
_pkgver=1.0.0
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc="Save Delayed Operations to a HDF5 File"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://bioconductor.org/packages/${_pkgname}"
|
||||
license=(GPL3)
|
||||
depends=(
|
||||
zlib
|
||||
r-delayedarray
|
||||
r-hdf5array
|
||||
r-rcpp
|
||||
r-rhdf5
|
||||
r-rhdf5lib
|
||||
zlib
|
||||
)
|
||||
makedepends=(
|
||||
r-rhdf5lib
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -7,7 +7,6 @@ repo_depends:
|
|||
- r-hdf5array
|
||||
- r-rcpp
|
||||
- r-rhdf5
|
||||
- r-rhdf5lib
|
||||
repo_makedepends:
|
||||
- r-rhdf5lib
|
||||
- r-biocsingular
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -5,19 +5,17 @@ _pkgname=cliqueMS
|
|||
_pkgver=1.14.1
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc="Annotation of Isotopes, Adducts and Fragmentation Adducts for in-Source LC/MS Metabolomics Data"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://bioconductor.org/packages/${_pkgname}"
|
||||
license=(GPL)
|
||||
depends=(
|
||||
r-bh
|
||||
r-igraph
|
||||
r-matrixstats
|
||||
r-msnbase
|
||||
r-qlcmatrix
|
||||
r-rcpp
|
||||
r-rcpparmadillo
|
||||
r-xcms
|
||||
)
|
||||
makedepends=(
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -3,13 +3,11 @@ maintainers:
|
|||
- github: pekkarr
|
||||
email: pekkarr@protonmail.com
|
||||
repo_depends:
|
||||
- r-bh
|
||||
- r-igraph
|
||||
- r-matrixstats
|
||||
- r-msnbase
|
||||
- r-qlcmatrix
|
||||
- r-rcpp
|
||||
- r-rcpparmadillo
|
||||
- r-xcms
|
||||
repo_makedepends:
|
||||
- r-bh
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,14 +4,13 @@ _pkgname=clock
|
|||
_pkgver=0.7.0
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc="Date-Time Types and Tools"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
license=(MIT)
|
||||
depends=(
|
||||
r-cli
|
||||
r-cpp11
|
||||
r-lifecycle
|
||||
r-rlang
|
||||
r-tzdb
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,7 +4,6 @@ maintainers:
|
|||
email: pekkarr@protonmail.com
|
||||
repo_depends:
|
||||
- r-cli
|
||||
- r-cpp11
|
||||
- r-lifecycle
|
||||
- r-rlang
|
||||
- r-tzdb
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,7 +4,7 @@ _pkgname=clubSandwich
|
|||
_pkgver=0.5.10
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc="Cluster-Robust (Sandwich) Variance Estimators with Small-Sample Corrections"
|
||||
arch=(any)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -34,11 +34,9 @@ optdepends=(
|
|||
r-ivreg
|
||||
r-knitr
|
||||
r-lme4
|
||||
r-matrix
|
||||
r-metadat
|
||||
r-metafor
|
||||
r-mlmrev
|
||||
r-nlme
|
||||
r-plm
|
||||
r-rmarkdown
|
||||
r-robumeta
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -5,13 +5,12 @@ _pkgname=CoGAPS
|
|||
_pkgver=3.20.0
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc="Coordinated Gene Activity in Pattern Sets"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://bioconductor.org/packages/${_pkgname}"
|
||||
license=(BSD)
|
||||
depends=(
|
||||
r-bh
|
||||
r-biocparallel
|
||||
r-biomart
|
||||
r-dplyr
|
||||
|
|
@ -37,7 +36,6 @@ optdepends=(
|
|||
r-biocstyle
|
||||
r-knitr
|
||||
r-rmarkdown
|
||||
r-seuratobject
|
||||
r-testthat
|
||||
)
|
||||
source=("https://bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/${_pkgname}_${_pkgver}.tar.gz")
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -3,7 +3,6 @@ maintainers:
|
|||
- github: pekkarr
|
||||
email: pekkarr@protonmail.com
|
||||
repo_depends:
|
||||
- r-bh
|
||||
- r-biocparallel
|
||||
- r-biomart
|
||||
- r-dplyr
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -10,7 +10,7 @@ _pkgname=colorspace
|
|||
_pkgver=2.1-0
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=5
|
||||
pkgrel=4
|
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pkgdesc="A Toolbox for Manipulating and Assessing Colors and Palettes"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -19,15 +19,11 @@ depends=(
|
|||
r
|
||||
)
|
||||
optdepends=(
|
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r-datasets
|
||||
r-dplyr
|
||||
r-ggplot2
|
||||
r-grid
|
||||
r-jpeg
|
||||
r-kernlab
|
||||
r-kernsmooth
|
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r-knitr
|
||||
r-mass
|
||||
r-mvtnorm
|
||||
r-png
|
||||
r-rcartocolor
|
||||
|
|
@ -37,8 +33,6 @@ optdepends=(
|
|||
r-scico
|
||||
r-shiny
|
||||
r-shinyjs
|
||||
r-tcltk
|
||||
r-utils
|
||||
r-vcd
|
||||
r-viridis
|
||||
r-wesanderson
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,13 +4,12 @@ _pkgname=colourvalues
|
|||
_pkgver=0.3.9
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc="Assigns Colours to Values"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
license=(GPL3)
|
||||
depends=(
|
||||
r-bh
|
||||
r-rcpp
|
||||
)
|
||||
makedepends=(
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -3,7 +3,6 @@ maintainers:
|
|||
- github: pekkarr
|
||||
email: pekkarr@protonmail.com
|
||||
repo_depends:
|
||||
- r-bh
|
||||
- r-rcpp
|
||||
repo_makedepends:
|
||||
- r-bh
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,7 +4,7 @@ _pkgname=common
|
|||
_pkgver=1.1.0
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgrel=1
|
||||
pkgdesc="Solutions for Common Problems in Base R"
|
||||
arch=(any)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -16,7 +16,6 @@ checkdepends=(
|
|||
r-testthat
|
||||
)
|
||||
optdepends=(
|
||||
r-base
|
||||
r-box
|
||||
r-glue
|
||||
r-knitr
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -8,7 +8,7 @@ _pkgname=covr
|
|||
_pkgver=3.6.3
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc="Test Coverage for Packages"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -39,7 +39,6 @@ optdepends=(
|
|||
r-knitr
|
||||
r-memoise
|
||||
r-mockery
|
||||
r-parallel
|
||||
r-r6
|
||||
r-rlang
|
||||
r-rmarkdown
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -6,7 +6,7 @@ _pkgname=cpp11
|
|||
_pkgver=0.4.6
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgrel=1
|
||||
pkgdesc="A C++11 Interface for R's C Interface"
|
||||
arch=(any)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -40,7 +40,6 @@ optdepends=(
|
|||
r-scales
|
||||
r-testthat
|
||||
r-tibble
|
||||
r-utils
|
||||
r-vctrs
|
||||
r-withr
|
||||
)
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,7 +4,7 @@ _pkgname=CTdata
|
|||
_pkgver=1.0.2
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc="Data companion to CTexploreR"
|
||||
arch=(any)
|
||||
url="https://bioconductor.org/packages/${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -20,7 +20,6 @@ optdepends=(
|
|||
r-dt
|
||||
r-knitr
|
||||
r-rmarkdown
|
||||
r-singlecellexperiment
|
||||
r-summarizedexperiment
|
||||
r-testthat
|
||||
)
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -5,7 +5,7 @@ _pkgname=cytolib
|
|||
_pkgver=2.14.0
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgrel=1
|
||||
pkgdesc="C++ infrastructure for representing and interacting with the gated cytometry data"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://bioconductor.org/packages/${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -15,8 +15,6 @@ depends=(
|
|||
hdf5
|
||||
lapack
|
||||
protobuf
|
||||
r-bh
|
||||
r-rhdf5lib
|
||||
r-rprotobuflib
|
||||
)
|
||||
makedepends=(
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -3,8 +3,6 @@ maintainers:
|
|||
- github: pekkarr
|
||||
email: pekkarr@protonmail.com
|
||||
repo_depends:
|
||||
- r-bh
|
||||
- r-rhdf5lib
|
||||
- r-rprotobuflib
|
||||
repo_makedepends:
|
||||
- r-bh
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -5,7 +5,7 @@ _pkgname=CytoML
|
|||
_pkgver=2.12.0
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc="A GatingML Interface for Cross Platform Cytometry Data Sharing"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://bioconductor.org/packages/${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -13,9 +13,7 @@ license=(AGPL3)
|
|||
depends=(
|
||||
boost-libs
|
||||
libxml2
|
||||
r-bh
|
||||
r-biobase
|
||||
r-cpp11
|
||||
r-cytolib
|
||||
r-data.table
|
||||
r-dplyr
|
||||
|
|
@ -27,8 +25,6 @@ depends=(
|
|||
r-opencyto
|
||||
r-rbgl
|
||||
r-rgraphviz
|
||||
r-rhdf5lib
|
||||
r-rprotobuflib
|
||||
r-tibble
|
||||
r-xml
|
||||
r-yaml
|
||||
|
|
@ -47,7 +43,6 @@ checkdepends=(
|
|||
optdepends=(
|
||||
r-flowworkspacedata
|
||||
r-knitr
|
||||
r-parallel
|
||||
r-rmarkdown
|
||||
r-testthat
|
||||
)
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -3,9 +3,7 @@ maintainers:
|
|||
- github: pekkarr
|
||||
email: pekkarr@protonmail.com
|
||||
repo_depends:
|
||||
- r-bh
|
||||
- r-biobase
|
||||
- r-cpp11
|
||||
- r-cytolib
|
||||
- r-data.table
|
||||
- r-dplyr
|
||||
|
|
@ -17,8 +15,6 @@ repo_depends:
|
|||
- r-opencyto
|
||||
- r-rbgl
|
||||
- r-rgraphviz
|
||||
- r-rhdf5lib
|
||||
- r-rprotobuflib
|
||||
- r-tibble
|
||||
- r-xml
|
||||
- r-yaml
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -5,16 +5,17 @@ _pkgname=DAPARdata
|
|||
_pkgver=1.30.4
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgrel=1
|
||||
pkgdesc="Data accompanying the DAPAR and Prostar packages"
|
||||
arch=(any)
|
||||
url="https://bioconductor.org/packages/${_pkgname}"
|
||||
license=(GPL2)
|
||||
depends=(
|
||||
r-biocstyle
|
||||
r-graph
|
||||
r-msnbase
|
||||
)
|
||||
optdepends=(
|
||||
r-biocstyle
|
||||
r-dapar
|
||||
r-knitr
|
||||
)
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -3,6 +3,8 @@ maintainers:
|
|||
- github: pekkarr
|
||||
email: pekkarr@protonmail.com
|
||||
repo_depends:
|
||||
- r-biocstyle
|
||||
- r-graph
|
||||
- r-msnbase
|
||||
update_on:
|
||||
- source: rpkgs
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -5,13 +5,12 @@ _pkgname=ddalpha
|
|||
_pkgver=1.3.13
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc="Depth-Based Classification and Calculation of Data Depth"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
license=(GPL2)
|
||||
depends=(
|
||||
r-bh
|
||||
r-geometry
|
||||
r-rcpp
|
||||
r-robustbase
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -3,7 +3,6 @@ maintainers:
|
|||
- github: pekkarr
|
||||
email: pekkarr@protonmail.com
|
||||
repo_depends:
|
||||
- r-bh
|
||||
- r-geometry
|
||||
- r-rcpp
|
||||
- r-robustbase
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -5,16 +5,14 @@ _pkgname=DDRTree
|
|||
_pkgver=0.1.5
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=8
|
||||
pkgrel=7
|
||||
pkgdesc="Learning Principal Graphs with DDRTree"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
license=(Artistic2.0)
|
||||
depends=(
|
||||
r-bh
|
||||
r-irlba
|
||||
r-rcpp
|
||||
r-rcppeigen
|
||||
)
|
||||
makedepends=(
|
||||
r-bh
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -3,10 +3,8 @@ maintainers:
|
|||
- github: pekkarr
|
||||
email: pekkarr@protonmail.com
|
||||
repo_depends:
|
||||
- r-bh
|
||||
- r-irlba
|
||||
- r-rcpp
|
||||
- r-rcppeigen
|
||||
repo_makedepends:
|
||||
- r-bh
|
||||
- r-rcppeigen
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -5,13 +5,12 @@ _pkgname=DelayedRandomArray
|
|||
_pkgver=1.8.0
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc="Delayed Arrays of Random Values"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://bioconductor.org/packages/${_pkgname}"
|
||||
license=(GPL3)
|
||||
depends=(
|
||||
r-bh
|
||||
r-delayedarray
|
||||
r-dqrng
|
||||
r-rcpp
|
||||
|
|
@ -25,7 +24,6 @@ checkdepends=(
|
|||
optdepends=(
|
||||
r-biocstyle
|
||||
r-knitr
|
||||
r-matrix
|
||||
r-rmarkdown
|
||||
r-testthat
|
||||
)
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -3,7 +3,6 @@ maintainers:
|
|||
- github: pekkarr
|
||||
email: pekkarr@protonmail.com
|
||||
repo_depends:
|
||||
- r-bh
|
||||
- r-delayedarray
|
||||
- r-dqrng
|
||||
- r-rcpp
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,7 +4,7 @@ _pkgname=DELocal
|
|||
_pkgver=1.0.0
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc="Identifies differentially expressed genes with respect to other local genes"
|
||||
arch=(any)
|
||||
url="https://bioconductor.org/packages/${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -19,7 +19,6 @@ depends=(
|
|||
r-summarizedexperiment
|
||||
)
|
||||
optdepends=(
|
||||
r-biocstyle
|
||||
r-biomart
|
||||
r-knitr
|
||||
r-pcredux
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -5,21 +5,16 @@ _pkgname=densEstBayes
|
|||
_pkgver=1.0-2.2
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=4
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgdesc="Density Estimation via Bayesian Inference Engines"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
license=(GPL)
|
||||
depends=(
|
||||
blas
|
||||
r-bh
|
||||
r-rcpp
|
||||
r-rcpparmadillo
|
||||
r-rcppeigen
|
||||
r-rcppparallel
|
||||
r-rstan
|
||||
r-rstantools
|
||||
r-stanheaders
|
||||
)
|
||||
makedepends=(
|
||||
r-bh
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -3,14 +3,9 @@ maintainers:
|
|||
- github: pekkarr
|
||||
email: pekkarr@protonmail.com
|
||||
repo_depends:
|
||||
- r-bh
|
||||
- r-rcpp
|
||||
- r-rcpparmadillo
|
||||
- r-rcppeigen
|
||||
- r-rcppparallel
|
||||
- r-rstan
|
||||
- r-rstantools
|
||||
- r-stanheaders
|
||||
repo_makedepends:
|
||||
- r-bh
|
||||
- r-rcpparmadillo
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -6,7 +6,7 @@ _pkgname=DEoptimR
|
|||
_pkgver=1.1-3
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgrel=1
|
||||
pkgdesc="Differential Evolution Optimization in Pure R"
|
||||
arch=(any)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -14,9 +14,6 @@ license=(GPL)
|
|||
depends=(
|
||||
r
|
||||
)
|
||||
optdepends=(
|
||||
r-robustbase
|
||||
)
|
||||
source=("https://cran.r-project.org/src/contrib/${_pkgname}_${_pkgver}.tar.gz")
|
||||
md5sums=('945667c3199760a35837e0a1b72f3648')
|
||||
sha256sums=('8dd8a61b07b02022493d7021dc62ef2c4dc2d596cff897846713c5f8dd784694')
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -7,13 +7,12 @@ _pkgname=DescTools
|
|||
_pkgver=0.99.50
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgrel=1
|
||||
pkgdesc="Tools for Descriptive Statistics"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
license=(GPL)
|
||||
depends=(
|
||||
r-bh
|
||||
r-data.table
|
||||
r-exact
|
||||
r-expm
|
||||
|
|
@ -32,7 +31,6 @@ makedepends=(
|
|||
optdepends=(
|
||||
r-r.rsp
|
||||
r-rdcomclient
|
||||
r-tcltk
|
||||
r-testthat
|
||||
r-vgam
|
||||
)
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -3,7 +3,6 @@ maintainers:
|
|||
- github: pekkarr
|
||||
email: pekkarr@protonmail.com
|
||||
repo_depends:
|
||||
- r-bh
|
||||
- r-data.table
|
||||
- r-exact
|
||||
- r-expm
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,7 +4,7 @@ _pkgname=DESpace
|
|||
_pkgver=1.0.0
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc="DESpace: a framework to discover spatially variable genes"
|
||||
arch=(any)
|
||||
url="https://bioconductor.org/packages/${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -42,7 +42,6 @@ optdepends=(
|
|||
r-scuttle
|
||||
r-spatiallibd
|
||||
r-testthat
|
||||
r-utils
|
||||
)
|
||||
source=("https://bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/${_pkgname}_${_pkgver}.tar.gz")
|
||||
md5sums=('ebe4a43a2479a091a19a012ae6db464c')
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,7 +4,7 @@ _pkgname=dials
|
|||
_pkgver=1.2.0
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc="Tools for Creating Tuning Parameter Values"
|
||||
arch=(any)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -34,7 +34,6 @@ optdepends=(
|
|||
r-kernlab
|
||||
r-knitr
|
||||
r-rmarkdown
|
||||
r-rpart
|
||||
r-testthat
|
||||
r-xml2
|
||||
)
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,7 +4,7 @@ _pkgname=DiceDesign
|
|||
_pkgver=1.9
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc="Designs of Computer Experiments"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -13,7 +13,6 @@ depends=(
|
|||
r
|
||||
)
|
||||
optdepends=(
|
||||
r-lattice
|
||||
r-randtoolbox
|
||||
r-rgl
|
||||
)
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -5,9 +5,9 @@ _pkgname=dimRed
|
|||
_pkgver=0.2.6
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=4
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgdesc="A Framework for Dimensionality Reduction"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
arch=(any)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
license=(GPL3)
|
||||
depends=(
|
||||
|
|
@ -38,14 +38,11 @@ optdepends=(
|
|||
r-energy
|
||||
r-fastica
|
||||
r-ggplot2
|
||||
r-graphics
|
||||
r-igraph
|
||||
r-keras
|
||||
r-kernlab
|
||||
r-knitr
|
||||
r-loe
|
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r-mass
|
||||
r-matrix
|
||||
r-nmf
|
||||
r-optimx
|
||||
r-pcal1
|
||||
|
|
@ -57,7 +54,6 @@ optdepends=(
|
|||
r-rtsne
|
||||
r-scales
|
||||
r-scatterplot3d
|
||||
r-stats
|
||||
r-tensorflow
|
||||
r-testthat
|
||||
r-tidyr
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -7,7 +7,7 @@ _pkgname=distr
|
|||
_pkgver=2.9.2
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc="Object Oriented Implementation of Distributions"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -20,7 +20,6 @@ optdepends=(
|
|||
r-distrex
|
||||
r-distrmod
|
||||
r-knitr
|
||||
r-robastbase
|
||||
r-roptest
|
||||
r-svunit
|
||||
)
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -5,7 +5,7 @@ _pkgname=doParallel
|
|||
_pkgver=1.0.17
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=8
|
||||
pkgrel=7
|
||||
pkgdesc="Foreach Parallel Adaptor for the 'parallel' Package"
|
||||
arch=(any)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -21,9 +21,7 @@ checkdepends=(
|
|||
)
|
||||
optdepends=(
|
||||
r-caret
|
||||
r-compiler
|
||||
r-mlbench
|
||||
r-rpart
|
||||
r-runit
|
||||
)
|
||||
source=("https://cran.r-project.org/src/contrib/${_pkgname}_${_pkgver}.tar.gz")
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -5,15 +5,13 @@ _pkgname=dqrng
|
|||
_pkgver=0.3.1
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgrel=1
|
||||
pkgdesc="Fast Pseudo Random Number Generators"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
license=(AGPL)
|
||||
depends=(
|
||||
r-bh
|
||||
r-rcpp
|
||||
r-sitmo
|
||||
)
|
||||
makedepends=(
|
||||
r-bh
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -3,9 +3,7 @@ maintainers:
|
|||
- github: pekkarr
|
||||
email: pekkarr@protonmail.com
|
||||
repo_depends:
|
||||
- r-bh
|
||||
- r-rcpp
|
||||
- r-sitmo
|
||||
repo_makedepends:
|
||||
- r-bh
|
||||
- r-sitmo
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,7 +4,7 @@ _pkgname=dreamerr
|
|||
_pkgver=1.3.0
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc="Error Handling Made Easy"
|
||||
arch=(any)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -13,10 +13,8 @@ depends=(
|
|||
r-formula
|
||||
)
|
||||
optdepends=(
|
||||
r-graphics
|
||||
r-knitr
|
||||
r-rmarkdown
|
||||
r-stats
|
||||
)
|
||||
source=("https://cran.r-project.org/src/contrib/${_pkgname}_${_pkgver}.tar.gz")
|
||||
md5sums=('76ea20c0b3ae718983374e2df3e94db5')
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -5,13 +5,12 @@ _pkgname=EBSeq
|
|||
_pkgver=2.0.0
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgrel=1
|
||||
pkgdesc="An R package for gene and isoform differential expression analysis of RNA-seq data"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://bioconductor.org/packages/${_pkgname}"
|
||||
license=(Artistic2.0)
|
||||
depends=(
|
||||
r-bh
|
||||
r-blockmodeling
|
||||
r-gplots
|
||||
r-rcpp
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -3,7 +3,6 @@ maintainers:
|
|||
- github: pekkarr
|
||||
email: pekkarr@protonmail.com
|
||||
repo_depends:
|
||||
- r-bh
|
||||
- r-blockmodeling
|
||||
- r-gplots
|
||||
- r-rcpp
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -5,7 +5,7 @@ _pkgname=effects
|
|||
_pkgver=4.2-2
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc="Effect Displays for Linear, Generalized Linear, and Other Models"
|
||||
arch=(any)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -24,13 +24,10 @@ optdepends=(
|
|||
r-car
|
||||
r-heplots
|
||||
r-knitr
|
||||
r-mass
|
||||
r-nlme
|
||||
r-ordinal
|
||||
r-pbkrtest
|
||||
r-polca
|
||||
r-robustlmm
|
||||
r-splines
|
||||
)
|
||||
source=("https://cran.r-project.org/src/contrib/${_pkgname}_${_pkgver}.tar.gz")
|
||||
md5sums=('cdcae07573da34746bfa4c246a6c4502')
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,7 +4,7 @@ _pkgname=escheR
|
|||
_pkgver=1.0.0
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc="Unified multi-dimensional visualizations with Gestalt principles"
|
||||
arch=(any)
|
||||
url="https://bioconductor.org/packages/${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -12,20 +12,14 @@ license=(MIT)
|
|||
depends=(
|
||||
r-ggplot2
|
||||
r-rlang
|
||||
r-singlecellexperiment
|
||||
r-spatialexperiment
|
||||
r-spatiallibd
|
||||
r-summarizedexperiment
|
||||
)
|
||||
optdepends=(
|
||||
r-biocstyle
|
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r-bumpymatrix
|
||||
r-ggpubr
|
||||
r-knitr
|
||||
r-rmarkdown
|
||||
r-scater
|
||||
r-scran
|
||||
r-scuttle
|
||||
r-seurat
|
||||
r-stexampledata
|
||||
)
|
||||
source=("https://bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/${_pkgname}_${_pkgver}.tar.gz")
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -5,8 +5,8 @@ maintainers:
|
|||
repo_depends:
|
||||
- r-ggplot2
|
||||
- r-rlang
|
||||
- r-singlecellexperiment
|
||||
- r-spatialexperiment
|
||||
- r-spatiallibd
|
||||
- r-summarizedexperiment
|
||||
update_on:
|
||||
- source: rpkgs
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,7 +4,7 @@ _pkgname=estimatr
|
|||
_pkgver=1.0.0
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc="Fast Estimators for Design-Based Inference"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -13,7 +13,6 @@ depends=(
|
|||
r-formula
|
||||
r-generics
|
||||
r-rcpp
|
||||
r-rcppeigen
|
||||
r-rlang
|
||||
)
|
||||
makedepends=(
|
||||
|
|
@ -46,7 +45,6 @@ optdepends=(
|
|||
r-sandwich
|
||||
r-stargazer
|
||||
r-testthat
|
||||
r-texreg
|
||||
)
|
||||
source=("https://cran.r-project.org/src/contrib/${_pkgname}_${_pkgver}.tar.gz")
|
||||
md5sums=('c8e716d7894d9febfca19b2e8fdfea36')
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -6,7 +6,6 @@ repo_depends:
|
|||
- r-formula
|
||||
- r-generics
|
||||
- r-rcpp
|
||||
- r-rcppeigen
|
||||
- r-rlang
|
||||
repo_makedepends:
|
||||
- r-rcppeigen
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -9,7 +9,7 @@ _pkgname=evaluate
|
|||
_pkgver=0.22
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgrel=1
|
||||
pkgdesc="Parsing and Evaluation Tools that Provide More Details than the Default"
|
||||
arch=(any)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -20,7 +20,6 @@ depends=(
|
|||
optdepends=(
|
||||
r-covr
|
||||
r-ggplot2
|
||||
r-lattice
|
||||
r-rlang
|
||||
r-testthat
|
||||
r-withr
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -5,7 +5,7 @@ _pkgname=exact2x2
|
|||
_pkgver=1.6.8
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=4
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgdesc="Exact Tests and Confidence Intervals for 2x2 Tables"
|
||||
arch=(any)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -21,7 +21,6 @@ checkdepends=(
|
|||
optdepends=(
|
||||
r-exact
|
||||
r-ggplot2
|
||||
r-grid
|
||||
r-gridextra
|
||||
r-testthat
|
||||
)
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,7 +4,7 @@ _pkgname=exdex
|
|||
_pkgver=1.2.2
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgrel=1
|
||||
pkgdesc="Estimation of the Extremal Index"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -12,7 +12,6 @@ license=(GPL)
|
|||
depends=(
|
||||
r-chandwich
|
||||
r-rcpp
|
||||
r-rcpparmadillo
|
||||
r-rcpproll
|
||||
)
|
||||
makedepends=(
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -5,7 +5,6 @@ maintainers:
|
|||
repo_depends:
|
||||
- r-chandwich
|
||||
- r-rcpp
|
||||
- r-rcpparmadillo
|
||||
- r-rcpproll
|
||||
repo_makedepends:
|
||||
- r-rcpparmadillo
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,7 +4,7 @@ _pkgname=EZtune
|
|||
_pkgver=3.1.1
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc="Tunes AdaBoost, Elastic Net, Support Vector Machines, and Gradient Boosting Machines"
|
||||
arch=(any)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -24,7 +24,6 @@ optdepends=(
|
|||
r-dplyr
|
||||
r-knitr
|
||||
r-mlbench
|
||||
r-parallel
|
||||
r-rmarkdown
|
||||
r-rsample
|
||||
r-yardstick
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,7 +4,7 @@ _pkgname=fabricatr
|
|||
_pkgver=1.0.0
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc="Imagine Your Data Before You Collect It"
|
||||
arch=(any)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -18,7 +18,6 @@ checkdepends=(
|
|||
optdepends=(
|
||||
r-data.table
|
||||
r-extradistr
|
||||
r-mass
|
||||
r-mvnfast
|
||||
r-testthat
|
||||
)
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -5,13 +5,12 @@ _pkgname=fgsea
|
|||
_pkgver=1.28.0
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgrel=1
|
||||
pkgdesc="Fast Gene Set Enrichment Analysis"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://bioconductor.org/packages/${_pkgname}"
|
||||
license=(MIT)
|
||||
depends=(
|
||||
r-bh
|
||||
r-biocparallel
|
||||
r-cowplot
|
||||
r-data.table
|
||||
|
|
@ -37,7 +36,6 @@ optdepends=(
|
|||
r-limma
|
||||
r-msigdbr
|
||||
r-org.mm.eg.db
|
||||
r-parallel
|
||||
r-reactome.db
|
||||
r-rmarkdown
|
||||
r-seurat
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -3,7 +3,6 @@ maintainers:
|
|||
- github: pekkarr
|
||||
email: pekkarr@protonmail.com
|
||||
repo_depends:
|
||||
- r-bh
|
||||
- r-biocparallel
|
||||
- r-cowplot
|
||||
- r-data.table
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -4,7 +4,7 @@ _pkgname=fixest
|
|||
_pkgver=0.11.1
|
||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||
pkgver=${_pkgver//-/.}
|
||||
pkgrel=3
|
||||
pkgrel=2
|
||||
pkgdesc="Fast Fixed-Effects Estimations"
|
||||
arch=(x86_64)
|
||||
url="https://cran.r-project.org/package=${_pkgname}"
|
||||
|
|
@ -23,7 +23,6 @@ optdepends=(
|
|||
r-ggplot2
|
||||
r-knitr
|
||||
r-lfe
|
||||
r-mass
|
||||
r-pander
|
||||
r-pdftools
|
||||
r-plm
|
||||
|
|
|
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