mirror of
https://github.com/BioArchLinux/Packages.git
synced 2025-03-10 12:02:42 +00:00
r-kebabs: fix build, use metadata checks
This commit is contained in:
Pekka Ristola
parent
19a431815c
commit
d79a192b77
5 changed files with 47 additions and 1024 deletions
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@ -4,18 +4,16 @@
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_pkgname=kebabs
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_pkgname=kebabs
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||||||
_pkgver=1.36.0
|
_pkgver=1.36.0
|
||||||
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
pkgname=r-${_pkgname,,}
|
||||||
pkgver=1.36.0
|
pkgver=${_pkgver//-/.}
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||||||
pkgrel=1
|
pkgrel=1
|
||||||
pkgdesc='Kernel-Based Analysis Of Biological Sequences'
|
pkgdesc="Kernel-Based Analysis Of Biological Sequences"
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||||||
arch=('x86_64')
|
arch=(x86_64)
|
||||||
url="https://bioconductor.org/packages/${_pkgname}"
|
url="https://bioconductor.org/packages/$_pkgname"
|
||||||
license=('GPL')
|
license=('GPL-3.0-or-later')
|
||||||
depends=(
|
depends=(
|
||||||
r
|
|
||||||
r-apcluster
|
r-apcluster
|
||||||
r-biostrings
|
r-biostrings
|
||||||
r-e1071
|
r-e1071
|
||||||
r-iranges
|
|
||||||
r-kernlab
|
r-kernlab
|
||||||
r-liblinear
|
r-liblinear
|
||||||
r-rcpp
|
r-rcpp
|
||||||
|
|
@ -23,7 +21,7 @@ depends=(
|
||||||
r-xvector
|
r-xvector
|
||||||
)
|
)
|
||||||
makedepends=(
|
makedepends=(
|
||||||
patch
|
r-iranges
|
||||||
)
|
)
|
||||||
optdepends=(
|
optdepends=(
|
||||||
r-biobase
|
r-biobase
|
||||||
|
|
@ -32,26 +30,23 @@ optdepends=(
|
||||||
r-sparsem
|
r-sparsem
|
||||||
)
|
)
|
||||||
source=("https://bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/${_pkgname}_${_pkgver}.tar.gz"
|
source=("https://bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/${_pkgname}_${_pkgver}.tar.gz"
|
||||||
"fix_strictrhdrs.patch")
|
"fix-build.patch")
|
||||||
sha256sums=('a39c12d8400d668497ef1f2ec4a7bea66542b0a091d4b3b4dce8370c48a6919e'
|
md5sums=('d6c4a16d9fd157b1e68acc8d4816017e'
|
||||||
'ee468bac3f162ee1d3a23ad59fb8ea5a050e03eb9a96d35950e16fbadc1b95ee')
|
'e2e8f5c5a4eb2e21ef973f32c2ed0c1a')
|
||||||
|
b2sums=('1a30610c1c4d82b9ef4d5f78b24cd93147f017b510885fbac851db3a0e34af91a7de27f790402ed0f47f3a19895869306bdb98b4b3b2de943162248f547bb5b5'
|
||||||
|
'025d0b3f3a6a7433403de4f31591706f0bd4a7a0b65673d6e7907827b3218acfa1636f1203da27cbb4737077b54f7c57bc8b5c6b5204d0fb586a171d5fa4b577')
|
||||||
|
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||||||
#prepare() {
|
prepare() {
|
||||||
# cd "${srcdir}/${_pkgname}"
|
# fix format string errors
|
||||||
|
patch -Np1 -i fix-build.patch
|
||||||
# fix issues with transition to the strict R headers
|
}
|
||||||
# patch -Np0 -i "${srcdir}/fix_strictrhdrs.patch"
|
|
||||||
#}
|
|
||||||
|
|
||||||
build() {
|
build() {
|
||||||
# create staging directory for installation
|
mkdir build
|
||||||
mkdir -p "${srcdir}/staged"
|
R CMD INSTALL -l build "$_pkgname"
|
||||||
|
|
||||||
R CMD INSTALL "${_pkgname}" -l "${srcdir}/staged"
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
package() {
|
package() {
|
||||||
install -dm0755 "${pkgdir}/usr/lib/R/library"
|
install -d "$pkgdir/usr/lib/R/library"
|
||||||
cp -a --no-preserve=ownership "${srcdir}/staged/${_pkgname}" "${pkgdir}/usr/lib/R/library"
|
cp -a --no-preserve=ownership "build/$_pkgname" "$pkgdir/usr/lib/R/library"
|
||||||
}
|
}
|
||||||
# vim:set ts=2 sw=2 et:
|
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||||||
|
|
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||||||
13
BioArchLinux/r-kebabs/fix-build.patch
Normal file
13
BioArchLinux/r-kebabs/fix-build.patch
Normal file
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|
@ -0,0 +1,13 @@
|
||||||
|
diff --git a/kebabs/src/svm.cpp b/kebabs/src/svm.cpp
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||||||
|
index 851416f..29b006a 100644
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||||||
|
--- a/kebabs/src/svm.cpp
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|
+++ b/kebabs/src/svm.cpp
|
||||||
|
@@ -47,7 +47,7 @@ static void print_string_stdout(const char *s)
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||||||
|
fputs(s,stdout);
|
||||||
|
fflush(stdout);
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
- Rprintf(s);
|
||||||
|
+ Rprintf("%s", s);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
static void (*svm_print_string) (const char *) = &print_string_stdout;
|
||||||
|
// MOD switch off info
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||||||
|
|
@ -1,991 +0,0 @@
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||||||
--- src/FeatureWeightsPosDepC.cpp 2021-10-26 22:06:39.000000000 +0300
|
|
||||||
+++ src/FeatureWeightsPosDepC.cpp 2022-01-24 17:03:58.996033520 +0300
|
|
||||||
@@ -54,11 +54,11 @@
|
|
||||||
iter = kh_get(pdfw, pdfwmap, keys[i]);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (iter == kh_end(pdfwmap))
|
|
||||||
{
|
|
||||||
Rprintf("key %llu not found in hashmap during determination of feature weights\n", keys[i]);
|
|
||||||
- Free(keys);
|
|
||||||
+ R_Free(keys);
|
|
||||||
return(FALSE);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
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||||||
colIndex = keys[i] / dimFeatureSpace;
|
|
||||||
featIndex = keys[i] % dimFeatureSpace;
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||||||
@@ -71,21 +71,21 @@
|
|
||||||
iter = kh_get(pdfi, pdfimap, featIndex);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (iter == kh_end(pdfimap))
|
|
||||||
{
|
|
||||||
Rprintf("pattern %llu not found in hashmap during determination of feature weights\n", featIndex);
|
|
||||||
- Free(keys);
|
|
||||||
+ R_Free(keys);
|
|
||||||
return(FALSE);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
INTEGER(slot_i)[currElem++] = kh_value(pdfimap, iter);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
while (currCol < numCols)
|
|
||||||
INTEGER(slot_p)[++currCol] = currElem;
|
|
||||||
|
|
||||||
- Free(keys);
|
|
||||||
+ R_Free(keys);
|
|
||||||
return(TRUE);
|
|
||||||
}
|
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||||||
|
|
||||||
bool getPDFeatureWeights(SEXP *pdFeatWeights, khash_t(pdfw) *pdfwmap, khash_t(pdfi) *pdfimap, bool posSpecific,
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||||||
int k, uint64_t dimFeatureSpace, int featIndexSize, uint64_t numKeys, void *keys)
|
|
||||||
--- src/GappyPairC.cpp 2021-10-26 22:06:39.000000000 +0300
|
|
||||||
+++ src/GappyPairC.cpp 2022-01-24 17:03:29.547988824 +0300
|
|
||||||
@@ -1621,11 +1621,11 @@
|
|
||||||
if (!zeroFeatures || features.length > 0 || countNonzeroFeatures)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (normalized && !(zeroFeatures && features.length < 1))
|
|
||||||
{
|
|
||||||
calcKernelValue = TRUE;
|
|
||||||
- *normValues = (double *) Calloc(sizeX, double);
|
|
||||||
+ *normValues = (double *) R_Calloc(sizeX, double);
|
|
||||||
pNormValues = *normValues;
|
|
||||||
|
|
||||||
if (useHash)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
fchmap = kh_init(fc);
|
|
||||||
@@ -1633,11 +1633,11 @@
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else
|
|
||||||
{
|
|
||||||
DEFINE_BITARRAY(usedFeatures, dimFeatureSpace);
|
|
||||||
featuresInSample = usedFeatures;
|
|
||||||
- featureCounts = (uint32_t *) Calloc(dimFeatureSpace, uint32_t);
|
|
||||||
+ featureCounts = (uint32_t *) R_Calloc(dimFeatureSpace, uint32_t);
|
|
||||||
pFeatureCounts = featureCounts;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else
|
|
||||||
calcKernelValue = FALSE;
|
|
||||||
@@ -1725,11 +1725,11 @@
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else
|
|
||||||
{
|
|
||||||
- featIndexMap = (uint32_t *) Calloc(dimFeatureSpace, uint32_t);
|
|
||||||
+ featIndexMap = (uint32_t *) R_Calloc(dimFeatureSpace, uint32_t);
|
|
||||||
pFeatureMap = featIndexMap;
|
|
||||||
*indexMap = (void *) featIndexMap;
|
|
||||||
|
|
||||||
if (features.length < 1)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
@@ -2321,11 +2321,11 @@
|
|
||||||
IntegerVector annotationIndexMap(MAX_CHAR);
|
|
||||||
IntegerVector reverseAnnotationMap(MAX_CHAR);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (normalized && normValues == NULL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
- normValues = (double *) Calloc(sizeX, double);
|
|
||||||
+ normValues = (double *) R_Calloc(sizeX, double);
|
|
||||||
pNormValues = normValues;
|
|
||||||
calcKernelValue = TRUE;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else
|
|
||||||
calcKernelValue = FALSE;
|
|
||||||
@@ -2686,11 +2686,11 @@
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
if (normalized && normValues == NULL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
- normValues = (double *) Calloc(sizeX, double);
|
|
||||||
+ normValues = (double *) R_Calloc(sizeX, double);
|
|
||||||
pNormValues = normValues;
|
|
||||||
saveKernelValue = TRUE;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else
|
|
||||||
saveKernelValue = FALSE;
|
|
||||||
@@ -4230,11 +4230,11 @@
|
|
||||||
|
|
||||||
if (kh_size(pdfwmap) == 0)
|
|
||||||
return(TRUE);
|
|
||||||
|
|
||||||
// create mapping to index
|
|
||||||
- *keys = (T *) Calloc(kh_size(pdfimap) + 1, T);
|
|
||||||
+ *keys = (T *) R_Calloc(kh_size(pdfimap) + 1, T);
|
|
||||||
numEntries = 0;
|
|
||||||
|
|
||||||
for (iter = kh_begin(pdfimap); iter != kh_end(pdfimap); iter++)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (kh_exist(pdfimap, iter))
|
|
||||||
@@ -4255,11 +4255,11 @@
|
|
||||||
if (posSpecific)
|
|
||||||
limit = 0;
|
|
||||||
else
|
|
||||||
limit = weightLimit;
|
|
||||||
|
|
||||||
- *keys = (T *) Calloc(kh_size(pdfwmap), T);
|
|
||||||
+ *keys = (T *) R_Calloc(kh_size(pdfwmap), T);
|
|
||||||
numEntries = 0;
|
|
||||||
|
|
||||||
for (iter = kh_begin(pdfwmap); iter != kh_end(pdfwmap); iter++)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (numEntries % USER_INTERRUPT_LIMIT == 0)
|
|
||||||
@@ -4271,11 +4271,11 @@
|
|
||||||
|
|
||||||
// Realloc to shrink size
|
|
||||||
if (*numKeys != numEntries)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
*numKeys = numEntries;
|
|
||||||
- *keys = (T *) Realloc(*keys, *numKeys, T);
|
|
||||||
+ *keys = (T *) R_Realloc(*keys, *numKeys, T);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
// sort keys according to position and feature index
|
|
||||||
sortArray(maxUnSignedIndex, *keys, 1, *numKeys);
|
|
||||||
|
|
||||||
@@ -4477,11 +4477,11 @@
|
|
||||||
newAnnIndex = NULL;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (normalized)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
- normValues = (double *) Calloc(numSamples, double);
|
|
||||||
+ normValues = (double *) R_Calloc(numSamples, double);
|
|
||||||
pNormValues = normValues;
|
|
||||||
fchmap = kh_init(fc);
|
|
||||||
pFeatureCountsHMap = fchmap;
|
|
||||||
calcKernelValue = TRUE;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
@@ -4813,17 +4813,17 @@
|
|
||||||
|
|
||||||
void freeHeapGappyPair()
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (pNormValues != NULL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
- Free(pNormValues);
|
|
||||||
+ R_Free(pNormValues);
|
|
||||||
pNormValues = NULL;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (pFeatureCounts != NULL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
- Free(pFeatureCounts);
|
|
||||||
+ R_Free(pFeatureCounts);
|
|
||||||
pFeatureCounts = NULL;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (pFeatureCountsHMap != NULL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
@@ -4831,11 +4831,11 @@
|
|
||||||
pFeatureCountsHMap = NULL;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (pFeatureMap != NULL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
- Free(pFeatureMap);
|
|
||||||
+ R_Free(pFeatureMap);
|
|
||||||
pFeatureMap = NULL;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (pFeatureHMap != NULL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
--- src/MismatchC.cpp 2021-10-26 22:06:39.000000000 +0300
|
|
||||||
+++ src/MismatchC.cpp 2022-01-24 17:02:36.579907797 +0300
|
|
||||||
@@ -983,11 +983,11 @@
|
|
||||||
powAlpha[i] = pow(alphaInf->numAlphabetChars, i);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (normalized && !(zeroFeatures && features.length < 1))
|
|
||||||
{
|
|
||||||
calcKernelValue = TRUE;
|
|
||||||
- *normValues = (double *) Calloc(sizeX, double);
|
|
||||||
+ *normValues = (double *) R_Calloc(sizeX, double);
|
|
||||||
pNormValues = *normValues;
|
|
||||||
|
|
||||||
if (useHash)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
fchmap = kh_init(fc);
|
|
||||||
@@ -995,11 +995,11 @@
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else
|
|
||||||
{
|
|
||||||
DEFINE_BITARRAY(usedFeatures, dimFeatureSpace);
|
|
||||||
featuresInSample = usedFeatures;
|
|
||||||
- featureCounts = (uint32_t *) Calloc(dimFeatureSpace, uint32_t);
|
|
||||||
+ featureCounts = (uint32_t *) R_Calloc(dimFeatureSpace, uint32_t);
|
|
||||||
pFeatureCounts = featureCounts;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else
|
|
||||||
calcKernelValue = FALSE;
|
|
||||||
@@ -1019,21 +1019,21 @@
|
|
||||||
pIndexHMap = indset;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else
|
|
||||||
{
|
|
||||||
- featIndexMap = (uint32_t *) Calloc(dimFeatureSpace, uint32_t);
|
|
||||||
+ featIndexMap = (uint32_t *) R_Calloc(dimFeatureSpace, uint32_t);
|
|
||||||
pfeatIndexMap = featIndexMap;
|
|
||||||
*indexMap = (void *) featIndexMap;
|
|
||||||
vmax = vmaxget();
|
|
||||||
hmap = NULL;
|
|
||||||
pFeatureHMap = NULL;
|
|
||||||
pIndexHMap = NULL;
|
|
||||||
|
|
||||||
if (!calcKernelValue)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
- indexSet = (uint32_t *) Calloc(dimFeatureSpace, uint32_t);
|
|
||||||
+ indexSet = (uint32_t *) R_Calloc(dimFeatureSpace, uint32_t);
|
|
||||||
pIndexMap = indexSet;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (features.length < 1)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
@@ -1395,11 +1395,11 @@
|
|
||||||
khash_t(fim) *hmap;
|
|
||||||
struct ifMutateFeature intf;
|
|
||||||
|
|
||||||
if (normalized && normValues == NULL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
- normValues = (double *) Calloc(sizeX, double);
|
|
||||||
+ normValues = (double *) R_Calloc(sizeX, double);
|
|
||||||
pNormValues = normValues;
|
|
||||||
calcKernelValue = TRUE;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else
|
|
||||||
calcKernelValue = FALSE;
|
|
||||||
@@ -2316,11 +2316,11 @@
|
|
||||||
featuresToHashmapMismatch(featureWeights, svmIndex, k, m, &alphaInf);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (normalized)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
- normValues = (double *) Calloc(numSamples, double);
|
|
||||||
+ normValues = (double *) R_Calloc(numSamples, double);
|
|
||||||
pNormValues = normValues;
|
|
||||||
fchmap = kh_init(fc);
|
|
||||||
pFeatureCountsHMap = fchmap;
|
|
||||||
calcKernelValue = TRUE;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
@@ -2417,23 +2417,23 @@
|
|
||||||
|
|
||||||
void freeHeapMismatch()
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (pNormValues != NULL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
- Free(pNormValues);
|
|
||||||
+ R_Free(pNormValues);
|
|
||||||
pNormValues = NULL;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (pfeatIndexMap != NULL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
- Free(pfeatIndexMap);
|
|
||||||
+ R_Free(pfeatIndexMap);
|
|
||||||
pfeatIndexMap = NULL;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (pIndexMap != NULL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
- Free(pIndexMap);
|
|
||||||
+ R_Free(pIndexMap);
|
|
||||||
pIndexMap = NULL;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (pFeatureHMap != NULL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
--- src/MotifC.cpp 2021-10-26 22:06:39.000000000 +0300
|
|
||||||
+++ src/MotifC.cpp 2022-01-24 17:02:12.430870578 +0300
|
|
||||||
@@ -764,11 +764,11 @@
|
|
||||||
// new key
|
|
||||||
if (*keyPoolSize < *poolNextFree + 10 + intf.motifLength)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
// realloc pool
|
|
||||||
(*keyPoolSize) *= 2;
|
|
||||||
- pKeypool = (char *) Realloc(*keyPool, *keyPoolSize, char);
|
|
||||||
+ pKeypool = (char *) R_Realloc(*keyPool, *keyPoolSize, char);
|
|
||||||
*keyPool = pKeypool;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
pKey = &((*keyPool)[*poolNextFree]);
|
|
||||||
memcpy(&((*keyPool)[*poolNextFree]), localKey, pos);
|
|
||||||
@@ -803,11 +803,11 @@
|
|
||||||
entryData.counter = 0;
|
|
||||||
|
|
||||||
if (numEntries > 0)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
// get key pointers
|
|
||||||
- char **keys = (char **) Calloc(numEntries, char *);
|
|
||||||
+ char **keys = (char **) R_Calloc(numEntries, char *);
|
|
||||||
pKeys = keys;
|
|
||||||
curr = 0;
|
|
||||||
|
|
||||||
for (iter = kh_begin(featMap); iter != kh_end(featMap); iter++)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
@@ -850,11 +850,11 @@
|
|
||||||
entryData.featureIndex = featureIndex++;
|
|
||||||
kh_value(featMap, iter) = entryData;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
- Free(pKeys);
|
|
||||||
+ R_Free(pKeys);
|
|
||||||
pKeys = NULL;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
return;
|
|
||||||
@@ -952,11 +952,11 @@
|
|
||||||
{
|
|
||||||
int i, j, arraySize, currIndex, currPos;
|
|
||||||
bool substGroupOpen;
|
|
||||||
|
|
||||||
arraySize = motifs.length * 2; // start with two unweighted positions per motif on average
|
|
||||||
- pUnweightedPos = (uint32_t *) Calloc(arraySize, uint32_t);
|
|
||||||
+ pUnweightedPos = (uint32_t *) R_Calloc(arraySize, uint32_t);
|
|
||||||
*unweightedPos = pUnweightedPos;
|
|
||||||
currIndex = 0;
|
|
||||||
|
|
||||||
for (i = 0; i < motifs.length; i++)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
@@ -985,11 +985,11 @@
|
|
||||||
if (motifs.ptr[i][j] == '.')
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (currIndex >= arraySize)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
arraySize = arraySize * 2;
|
|
||||||
- pUnweightedPos = Realloc(pUnweightedPos, arraySize, uint32_t);
|
|
||||||
+ pUnweightedPos = R_Realloc(pUnweightedPos, arraySize, uint32_t);
|
|
||||||
*unweightedPos = pUnweightedPos;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
(*unweightedPos)[currIndex++] = currPos;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
@@ -1044,11 +1044,11 @@
|
|
||||||
// new key
|
|
||||||
if (*intf->keyPoolSize < *intf->poolNextFree + 10 + motifLength)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
// realloc pool
|
|
||||||
*intf->keyPoolSize *= 2;
|
|
||||||
- pKeypool = (char *) Realloc(intf->keyPool, *intf->keyPoolSize, char);
|
|
||||||
+ pKeypool = (char *) R_Realloc(intf->keyPool, *intf->keyPoolSize, char);
|
|
||||||
intf->keyPool = pKeypool;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
pKey = &(intf->keyPool[*intf->poolNextFree]);
|
|
||||||
memcpy(&(intf->keyPool[*intf->poolNextFree]), localKey, pos);
|
|
||||||
@@ -1598,12 +1598,12 @@
|
|
||||||
else
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (intf->elemIndex >= intf->currFeatVecLength)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
intf->currFeatVecLength = intf->currFeatVecLength * 1.4;
|
|
||||||
- intf->pFeatVecIndex = (uint32_t *) Realloc(intf->pFeatVecIndex, intf->currFeatVecLength, uint32_t);
|
|
||||||
- intf->pFeatVecValue = (int32_t *) Realloc(intf->pFeatVecValue, intf->currFeatVecLength, int32_t);
|
|
||||||
+ intf->pFeatVecIndex = (uint32_t *) R_Realloc(intf->pFeatVecIndex, intf->currFeatVecLength, uint32_t);
|
|
||||||
+ intf->pFeatVecValue = (int32_t *) R_Realloc(intf->pFeatVecValue, intf->currFeatVecLength, int32_t);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
intf->pFeatVecValue[intf->elemIndex] = *motifBegin - intf->offset + 1;
|
|
||||||
intf->pFeatVecIndex[intf->elemIndex++] = intf->pTree->node[currNext].ib.idx[MAX_ALPHA_SIZE - 1];
|
|
||||||
intf->kernelValue++;
|
|
||||||
@@ -1647,13 +1647,13 @@
|
|
||||||
else
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (intf->elemIndex >= intf->currFeatVecLength)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
intf->currFeatVecLength = intf->currFeatVecLength * 1.4;
|
|
||||||
- intf->pFeatVecIndex = (uint32_t *) Realloc(intf->pFeatVecIndex, intf->currFeatVecLength,
|
|
||||||
+ intf->pFeatVecIndex = (uint32_t *) R_Realloc(intf->pFeatVecIndex, intf->currFeatVecLength,
|
|
||||||
uint32_t);
|
|
||||||
- intf->pFeatVecValue = (int32_t *) Realloc(intf->pFeatVecValue, intf->currFeatVecLength,
|
|
||||||
+ intf->pFeatVecValue = (int32_t *) R_Realloc(intf->pFeatVecValue, intf->currFeatVecLength,
|
|
||||||
int32_t);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
intf->pFeatVecValue[intf->elemIndex] = *motifBegin - intf->offset + 1;
|
|
||||||
intf->pFeatVecIndex[intf->elemIndex++] = intf->pTree->node[currGroup].ib.idx[MAX_ALPHA_SIZE - 1];
|
|
||||||
@@ -1697,12 +1697,12 @@
|
|
||||||
else
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (intf->elemIndex >= intf->currFeatVecLength)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
intf->currFeatVecLength = intf->currFeatVecLength * 1.4;
|
|
||||||
- intf->pFeatVecIndex = (uint32_t *) Realloc(intf->pFeatVecIndex, intf->currFeatVecLength, uint32_t);
|
|
||||||
- intf->pFeatVecValue = (int32_t *) Realloc(intf->pFeatVecValue, intf->currFeatVecLength, int32_t);
|
|
||||||
+ intf->pFeatVecIndex = (uint32_t *) R_Realloc(intf->pFeatVecIndex, intf->currFeatVecLength, uint32_t);
|
|
||||||
+ intf->pFeatVecValue = (int32_t *) R_Realloc(intf->pFeatVecValue, intf->currFeatVecLength, int32_t);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
intf->pFeatVecValue[intf->elemIndex] = *motifBegin - intf->offset + 1;
|
|
||||||
intf->pFeatVecIndex[intf->elemIndex++] = intf->pTree->node[curr].ib.idx[MAX_ALPHA_SIZE - 1];
|
|
||||||
intf->kernelValue++;
|
|
||||||
@@ -1972,11 +1972,11 @@
|
|
||||||
struct fmData entryData;
|
|
||||||
|
|
||||||
if (numEntries > 0)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
// get key pointers
|
|
||||||
- char **keys = (char **) Calloc(numEntries, char *);
|
|
||||||
+ char **keys = (char **) R_Calloc(numEntries, char *);
|
|
||||||
pKeys = keys;
|
|
||||||
curr = 0;
|
|
||||||
|
|
||||||
for (iter = kh_begin(featMap); iter != kh_end(featMap); iter++)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
@@ -2014,11 +2014,11 @@
|
|
||||||
REAL(slot_x)[(*jIdx)++] = entryData.counter;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
- Free(keys);
|
|
||||||
+ R_Free(keys);
|
|
||||||
pKeys = NULL;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
return;
|
|
||||||
@@ -2065,11 +2065,11 @@
|
|
||||||
// allocate key pool
|
|
||||||
keyPoolSize = INIT_POOL_SIZE;
|
|
||||||
intf.keyPoolSize = &keyPoolSize;
|
|
||||||
poolNextFree = 0;
|
|
||||||
intf.poolNextFree = &poolNextFree;
|
|
||||||
- intf.keyPool = (char *) Calloc(keyPoolSize, char);
|
|
||||||
+ intf.keyPool = (char *) R_Calloc(keyPoolSize, char);
|
|
||||||
pKeypool = intf.keyPool;
|
|
||||||
|
|
||||||
unweightedPos = &unweightedPositions;
|
|
||||||
|
|
||||||
findUnweightedPositions(motifs, &unweightedPosStart, unweightedPos);
|
|
||||||
@@ -2232,11 +2232,11 @@
|
|
||||||
fDim, i, alphaInf, maxMotifLength);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (pKeypool != NULL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
- Free(pKeypool);
|
|
||||||
+ R_Free(pKeypool);
|
|
||||||
pKeypool = NULL;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
// sort feature vectors
|
|
||||||
sort2Arrays(MAXUINT32, featVectorIndex, featVectorValue, numSamples, fDim, NULL);
|
|
||||||
@@ -2269,20 +2269,20 @@
|
|
||||||
numSamples = sizeX;
|
|
||||||
|
|
||||||
if (!symmetric)
|
|
||||||
numSamples += sizeY;
|
|
||||||
|
|
||||||
- double *normValues = (double *) Calloc(numSamples, double);
|
|
||||||
+ double *normValues = (double *) R_Calloc(numSamples, double);
|
|
||||||
|
|
||||||
// allocate arrays for sparse feature vectors with 32 or 64 bit index
|
|
||||||
// store only unnormalized k-mer counts to avoid double space usage
|
|
||||||
// add one for the sentinel
|
|
||||||
fDim = 2 * maxSeqLength + 1;
|
|
||||||
|
|
||||||
- featVectorValue = (int32_t *) Calloc(numSamples * fDim, int32_t);
|
|
||||||
- featVectorIndex = (uint32_t *) Calloc(numSamples * fDim, uint32_t);
|
|
||||||
- featVectorsStart = (uint64_t *) Calloc(numSamples + 1, uint64_t);
|
|
||||||
+ featVectorValue = (int32_t *) R_Calloc(numSamples * fDim, int32_t);
|
|
||||||
+ featVectorIndex = (uint32_t *) R_Calloc(numSamples * fDim, uint32_t);
|
|
||||||
+ featVectorsStart = (uint64_t *) R_Calloc(numSamples + 1, uint64_t);
|
|
||||||
|
|
||||||
// alloc mem for prefix tree
|
|
||||||
maxNoOfNodes = MAX_BLOCK;
|
|
||||||
|
|
||||||
if (nodeLimit < maxNoOfNodes)
|
|
||||||
@@ -2294,27 +2294,27 @@
|
|
||||||
|
|
||||||
if (pTree == NULL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
Rprintf("Allocation of heap for tree failed\n");
|
|
||||||
initMatrixWithNA(km, sizeX, sizeY);
|
|
||||||
- Free(featVectorIndex);
|
|
||||||
- Free(featVectorValue);
|
|
||||||
- Free(featVectorsStart);
|
|
||||||
- Free(normValues);
|
|
||||||
+ R_Free(featVectorIndex);
|
|
||||||
+ R_Free(featVectorValue);
|
|
||||||
+ R_Free(featVectorsStart);
|
|
||||||
+ R_Free(normValues);
|
|
||||||
return;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
//create tree for motifs
|
|
||||||
if (!createMotifTree(motifs, maxMotifLength, pTree, maxNoOfNodes, &freeNode, &nullBlock,
|
|
||||||
&printWarning, alphaInf, TRUE))
|
|
||||||
{
|
|
||||||
Rprintf("Creation of tree failed\n");
|
|
||||||
initMatrixWithNA(km, sizeX, sizeY);
|
|
||||||
- Free(featVectorIndex);
|
|
||||||
- Free(featVectorValue);
|
|
||||||
- Free(featVectorsStart);
|
|
||||||
- Free(normValues);
|
|
||||||
+ R_Free(featVectorIndex);
|
|
||||||
+ R_Free(featVectorValue);
|
|
||||||
+ R_Free(featVectorsStart);
|
|
||||||
+ R_Free(normValues);
|
|
||||||
return;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
intf.markUsedOnly = FALSE;
|
|
||||||
intf.markMotifsInSample = FALSE;
|
|
||||||
@@ -2384,14 +2384,14 @@
|
|
||||||
|
|
||||||
computeKernelMatrixPos(MAXUINT32, featVectorIndex, featVectorValue, featVectorsStart, km,
|
|
||||||
normValues, maxFeaturesPerSample, motifs.length, sizeX, sizeY, normalized, symmetric,
|
|
||||||
FALSE, distWeight);
|
|
||||||
|
|
||||||
- Free(featVectorIndex);
|
|
||||||
- Free(featVectorValue);
|
|
||||||
- Free(featVectorsStart);
|
|
||||||
- Free(normValues);
|
|
||||||
+ R_Free(featVectorIndex);
|
|
||||||
+ R_Free(featVectorValue);
|
|
||||||
+ R_Free(featVectorsStart);
|
|
||||||
+ R_Free(normValues);
|
|
||||||
|
|
||||||
return;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
void getERDMotif(NumericMatrix erd, ByteStringVector x, int sizeX, IntegerVector selX, ByteStringVector annCharset,
|
|
||||||
@@ -2630,11 +2630,11 @@
|
|
||||||
// allocate key pool
|
|
||||||
keyPoolSize = INIT_POOL_SIZE;
|
|
||||||
intf.keyPoolSize = &keyPoolSize;
|
|
||||||
poolNextFree = 0;
|
|
||||||
intf.poolNextFree = &poolNextFree;
|
|
||||||
- intf.keyPool = (char *) Calloc(keyPoolSize, char);
|
|
||||||
+ intf.keyPool = (char *) R_Calloc(keyPoolSize, char);
|
|
||||||
pKeypool = intf.keyPool;
|
|
||||||
unweightedPos = &unweightedPositions;
|
|
||||||
|
|
||||||
findUnweightedPositions(motifs, &unweightedPosStart, unweightedPos);
|
|
||||||
|
|
||||||
@@ -3140,16 +3140,16 @@
|
|
||||||
intf.currFeatVecLength = sizeX * maxSeqLength * 2;
|
|
||||||
|
|
||||||
if (intf.currFeatVecLength > MAX_FEAT_VEC_LENGTH)
|
|
||||||
intf.currFeatVecLength = MAX_FEAT_VEC_LENGTH;
|
|
||||||
|
|
||||||
- *featVectorIndex = (uint32_t *) Calloc(intf.currFeatVecLength, uint32_t);
|
|
||||||
- *featVectorValue = (int32_t *) Calloc(intf.currFeatVecLength, int32_t);
|
|
||||||
- *startIndex = (uint64_t *) Calloc(sizeX + 1, uint64_t);
|
|
||||||
+ *featVectorIndex = (uint32_t *) R_Calloc(intf.currFeatVecLength, uint32_t);
|
|
||||||
+ *featVectorValue = (int32_t *) R_Calloc(intf.currFeatVecLength, int32_t);
|
|
||||||
+ *startIndex = (uint64_t *) R_Calloc(sizeX + 1, uint64_t);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (normalized)
|
|
||||||
- *kernelValue = (double *) Calloc(sizeX, double);
|
|
||||||
+ *kernelValue = (double *) R_Calloc(sizeX, double);
|
|
||||||
|
|
||||||
intf.markUsedOnly = FALSE;
|
|
||||||
intf.markMotifsInSample = FALSE;
|
|
||||||
intf.zeroFeatures = TRUE;
|
|
||||||
intf.presence = FALSE;
|
|
||||||
@@ -3272,25 +3272,25 @@
|
|
||||||
kh_value(pdfwmap, iter) = normFactor * coefs[sel[0]];
|
|
||||||
else
|
|
||||||
kh_value(pdfwmap, iter) = kh_value(pdfwmap, iter) + normFactor * coefs[sel[0]];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
- Free(featVectorIndex);
|
|
||||||
- Free(featVectorValue);
|
|
||||||
- Free(startIndex);
|
|
||||||
+ R_Free(featVectorIndex);
|
|
||||||
+ R_Free(featVectorValue);
|
|
||||||
+ R_Free(startIndex);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (normalized)
|
|
||||||
- Free(kernelValue);
|
|
||||||
+ R_Free(kernelValue);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
*numKeys = kh_size(pdfwmap);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (kh_size(pdfwmap) == 0)
|
|
||||||
return(TRUE);
|
|
||||||
|
|
||||||
// create mapping to index
|
|
||||||
- *keys = (T *) Calloc(kh_size(pdfimap) + 1, T);
|
|
||||||
+ *keys = (T *) R_Calloc(kh_size(pdfimap) + 1, T);
|
|
||||||
numEntries = 0;
|
|
||||||
|
|
||||||
for (iter = kh_begin(pdfimap); iter != kh_end(pdfimap); iter++)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (kh_exist(pdfimap, iter))
|
|
||||||
@@ -3311,11 +3311,11 @@
|
|
||||||
if (posSpecific)
|
|
||||||
limit = 0;
|
|
||||||
else
|
|
||||||
limit = weightLimit;
|
|
||||||
|
|
||||||
- *keys = (T *) Calloc(kh_size(pdfwmap), T);
|
|
||||||
+ *keys = (T *) R_Calloc(kh_size(pdfwmap), T);
|
|
||||||
numEntries = 0;
|
|
||||||
|
|
||||||
for (iter = kh_begin(pdfwmap); iter != kh_end(pdfwmap); iter++)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (numEntries % USER_INTERRUPT_LIMIT == 0)
|
|
||||||
@@ -3327,11 +3327,11 @@
|
|
||||||
|
|
||||||
// Realloc to shrink size
|
|
||||||
if (*numKeys != numEntries)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
*numKeys = numEntries;
|
|
||||||
- *keys = (T *) Realloc(*keys, *numKeys, T);
|
|
||||||
+ *keys = (T *) R_Realloc(*keys, *numKeys, T);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
// sort keys according to position and feature index
|
|
||||||
sortArray(maxUnSignedIndex, *keys, 1, *numKeys);
|
|
||||||
|
|
||||||
@@ -3560,11 +3560,11 @@
|
|
||||||
// allocate key pool
|
|
||||||
keyPoolSize = INIT_POOL_SIZE;
|
|
||||||
intf.keyPoolSize = &keyPoolSize;
|
|
||||||
poolNextFree = 0;
|
|
||||||
intf.poolNextFree = &poolNextFree;
|
|
||||||
- pKeypool = (char *) Calloc(keyPoolSize, char);
|
|
||||||
+ pKeypool = (char *) R_Calloc(keyPoolSize, char);
|
|
||||||
keyPool = pKeypool;
|
|
||||||
intf.keyPool = keyPool;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else
|
|
||||||
{
|
|
||||||
@@ -3687,21 +3687,21 @@
|
|
||||||
pFeatureHMap = NULL;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (pKeypool != NULL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
- Free(pKeypool);
|
|
||||||
+ R_Free(pKeypool);
|
|
||||||
pKeypool = NULL;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (pKeys != NULL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
- Free(pKeys);
|
|
||||||
+ R_Free(pKeys);
|
|
||||||
pKeys = NULL;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (pUnweightedPos != NULL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
- Free(pUnweightedPos);
|
|
||||||
+ R_Free(pUnweightedPos);
|
|
||||||
pUnweightedPos = NULL;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
--- src/SpectrumC.cpp 2021-10-26 22:06:39.000000000 +0300
|
|
||||||
+++ src/SpectrumC.cpp 2022-01-24 17:01:43.209825264 +0300
|
|
||||||
@@ -1193,11 +1193,11 @@
|
|
||||||
if (!zeroFeatures || features.length > 0 || countNonzeroFeatures)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (normalized && !(zeroFeatures && features.length < 1))
|
|
||||||
{
|
|
||||||
calcKernelValue = TRUE;
|
|
||||||
- *normValues = (double *) Calloc(sizeX, double);
|
|
||||||
+ *normValues = (double *) R_Calloc(sizeX, double);
|
|
||||||
pNormValues = *normValues;
|
|
||||||
|
|
||||||
if (useHash)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
fchmap = kh_init(fc);
|
|
||||||
@@ -1205,11 +1205,11 @@
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else
|
|
||||||
{
|
|
||||||
DEFINE_BITARRAY(usedFeatures, dimFeatureSpace);
|
|
||||||
featuresInSample = usedFeatures;
|
|
||||||
- featureCounts = (uint32_t *) Calloc(dimFeatureSpace, uint32_t);
|
|
||||||
+ featureCounts = (uint32_t *) R_Calloc(dimFeatureSpace, uint32_t);
|
|
||||||
pFeatureCounts = featureCounts;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else
|
|
||||||
calcKernelValue = FALSE;
|
|
||||||
@@ -1282,11 +1282,11 @@
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else
|
|
||||||
{
|
|
||||||
- featIndexMap = (uint32_t *) Calloc(dimFeatureSpace, uint32_t);
|
|
||||||
+ featIndexMap = (uint32_t *) R_Calloc(dimFeatureSpace, uint32_t);
|
|
||||||
pFeatureMap = featIndexMap;
|
|
||||||
*indexMap = (void *) featIndexMap;
|
|
||||||
|
|
||||||
if (features.length < 1)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
@@ -2022,11 +2022,11 @@
|
|
||||||
IntegerVector annotationIndexMap(MAX_CHAR);
|
|
||||||
IntegerVector reverseAnnotationMap(MAX_CHAR);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (normalized && normValues == NULL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
- normValues = (double *) Calloc(sizeX, double);
|
|
||||||
+ normValues = (double *) R_Calloc(sizeX, double);
|
|
||||||
pNormValues = normValues;
|
|
||||||
calcKernelValue = TRUE;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else
|
|
||||||
calcKernelValue = FALSE;
|
|
||||||
@@ -2425,11 +2425,11 @@
|
|
||||||
IntegerVector reverseAnnotationMap(MAX_CHAR);
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
if (normalized && normValues == NULL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
- normValues = (double *) Calloc(sizeX, double);
|
|
||||||
+ normValues = (double *) R_Calloc(sizeX, double);
|
|
||||||
pNormValues = normValues;
|
|
||||||
saveKernelValue = TRUE;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else
|
|
||||||
saveKernelValue = FALSE;
|
|
||||||
@@ -3791,11 +3791,11 @@
|
|
||||||
|
|
||||||
if (kh_size(pdfwmap) == 0)
|
|
||||||
return(TRUE);
|
|
||||||
|
|
||||||
// create mapping to index
|
|
||||||
- *keys = (T *) Calloc(kh_size(pdfimap) + 1, T);
|
|
||||||
+ *keys = (T *) R_Calloc(kh_size(pdfimap) + 1, T);
|
|
||||||
numEntries = 0;
|
|
||||||
|
|
||||||
for (iter = kh_begin(pdfimap); iter != kh_end(pdfimap); iter++)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (kh_exist(pdfimap, iter))
|
|
||||||
@@ -3808,21 +3808,21 @@
|
|
||||||
{
|
|
||||||
iter = kh_get(pdfi, pdfimap, (*keys)[i]);
|
|
||||||
kh_value(pdfimap, iter) = i;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
- Free(*keys);
|
|
||||||
+ R_Free(*keys);
|
|
||||||
|
|
||||||
// perform weight pruning for pos specific kernels
|
|
||||||
// for pos dependent kernels weight pruning is done at prediction or
|
|
||||||
// profile generation when the actual weights are calculated
|
|
||||||
if (posSpecific)
|
|
||||||
limit = 0;
|
|
||||||
else
|
|
||||||
limit = weightLimit;
|
|
||||||
|
|
||||||
- *keys = (T *) Calloc(kh_size(pdfwmap), T);
|
|
||||||
+ *keys = (T *) R_Calloc(kh_size(pdfwmap), T);
|
|
||||||
numEntries = 0;
|
|
||||||
|
|
||||||
for (iter = kh_begin(pdfwmap); iter != kh_end(pdfwmap); iter++)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (numEntries % USER_INTERRUPT_LIMIT == 0)
|
|
||||||
@@ -3834,11 +3834,11 @@
|
|
||||||
|
|
||||||
// Realloc to shrink size
|
|
||||||
if (*numKeys != numEntries)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
*numKeys = numEntries;
|
|
||||||
- *keys = (T *) Realloc(*keys, *numKeys, T);
|
|
||||||
+ *keys = (T *) R_Realloc(*keys, *numKeys, T);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
// sort keys according to position and feature index
|
|
||||||
sortArray(maxUnSignedIndex, *keys, 1, *numKeys);
|
|
||||||
|
|
||||||
@@ -4039,11 +4039,11 @@
|
|
||||||
annCharset, annotationIndexMap);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (normalized)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
- normValues = (double *) Calloc(numSamples, double);
|
|
||||||
+ normValues = (double *) R_Calloc(numSamples, double);
|
|
||||||
pNormValues = normValues;
|
|
||||||
fchmap = kh_init(fc);
|
|
||||||
pFeatureCountsHMap = fchmap;
|
|
||||||
calcKernelValue = TRUE;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
@@ -4447,17 +4447,17 @@
|
|
||||||
|
|
||||||
void freeHeapSpectrum()
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (pNormValues != NULL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
- Free(pNormValues);
|
|
||||||
+ R_Free(pNormValues);
|
|
||||||
pNormValues = NULL;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (pFeatureCounts != NULL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
- Free(pFeatureCounts);
|
|
||||||
+ R_Free(pFeatureCounts);
|
|
||||||
pFeatureCounts = NULL;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (pFeatureCountsHMap != NULL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
@@ -4465,11 +4465,11 @@
|
|
||||||
pFeatureCountsHMap = NULL;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (pFeatureMap != NULL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
- Free(pFeatureMap);
|
|
||||||
+ R_Free(pFeatureMap);
|
|
||||||
pFeatureMap = NULL;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (pFeatureHMap != NULL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
@@ -4477,11 +4477,11 @@
|
|
||||||
pFeatureHMap = NULL;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (pUnweightedPos != NULL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
- Free(pUnweightedPos);
|
|
||||||
+ R_Free(pUnweightedPos);
|
|
||||||
pUnweightedPos = NULL;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (hmap != NULL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
--- src/Utils.cpp 2021-10-26 22:06:39.000000000 +0300
|
|
||||||
+++ src/Utils.cpp 2022-01-24 17:00:39.189724898 +0300
|
|
||||||
@@ -157,13 +157,13 @@
|
|
||||||
|
|
||||||
// set initial size and growth factor for i and x arrays
|
|
||||||
vectorSize = sizeX + sizeY;
|
|
||||||
growBy = 1.6;
|
|
||||||
|
|
||||||
- pptr = (int *) Calloc(sizeY + 1, int);
|
|
||||||
- iptr = (int *) Calloc(vectorSize, int);
|
|
||||||
- xptr = (double *) Calloc(vectorSize, double);
|
|
||||||
+ pptr = (int *) R_Calloc(sizeY + 1, int);
|
|
||||||
+ iptr = (int *) R_Calloc(vectorSize, int);
|
|
||||||
+ xptr = (double *) R_Calloc(vectorSize, double);
|
|
||||||
ptrP = pptr;
|
|
||||||
ptrI = iptr;
|
|
||||||
ptrX = xptr;
|
|
||||||
|
|
||||||
nextFree = 0;
|
|
||||||
@@ -203,12 +203,12 @@
|
|
||||||
// new element - check if enough space
|
|
||||||
if (((uint64_t) nextFree + 1) > vectorSize)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
// realloc arrays i and x
|
|
||||||
vectorSize *= growBy;
|
|
||||||
- iptr = (int *) Realloc(iptr, vectorSize, int);
|
|
||||||
- xptr = (double *) Realloc(xptr, vectorSize, double);
|
|
||||||
+ iptr = (int *) R_Realloc(iptr, vectorSize, int);
|
|
||||||
+ xptr = (double *) R_Realloc(xptr, vectorSize, double);
|
|
||||||
ptrI = iptr;
|
|
||||||
ptrX = xptr;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
iptr[nextFree] = i;
|
|
||||||
@@ -258,12 +258,12 @@
|
|
||||||
// new element - check if enough space
|
|
||||||
if (((uint64_t) nextFree + 1) > vectorSize)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
// realloc arrays i and x
|
|
||||||
vectorSize = (uint64_t) (vectorSize * growBy);
|
|
||||||
- iptr = (int *) Realloc(iptr, vectorSize, int);
|
|
||||||
- xptr = (double *) Realloc(xptr, vectorSize, double);
|
|
||||||
+ iptr = (int *) R_Realloc(iptr, vectorSize, int);
|
|
||||||
+ xptr = (double *) R_Realloc(xptr, vectorSize, double);
|
|
||||||
ptrI = iptr;
|
|
||||||
ptrX = xptr;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
iptr[nextFree] = i;
|
|
||||||
@@ -278,18 +278,18 @@
|
|
||||||
vmaxset(vmax);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (nextFree == 0) // realloc with 0 bytes does not work on Ubuntu
|
|
||||||
{
|
|
||||||
// shrink to one element
|
|
||||||
- iptr = (int *) Realloc(iptr, 1, int);
|
|
||||||
- xptr = (double *) Realloc(xptr, 1, double);
|
|
||||||
+ iptr = (int *) R_Realloc(iptr, 1, int);
|
|
||||||
+ xptr = (double *) R_Realloc(xptr, 1, double);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else
|
|
||||||
{
|
|
||||||
// shrink to actual size
|
|
||||||
- iptr = (int *) Realloc(iptr, nextFree, int);
|
|
||||||
- xptr = (double *) Realloc(xptr, nextFree, double);
|
|
||||||
+ iptr = (int *) R_Realloc(iptr, nextFree, int);
|
|
||||||
+ xptr = (double *) R_Realloc(xptr, nextFree, double);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
// allocate sparse km as dgCMatrix
|
|
||||||
numProtect = 0;
|
|
||||||
spm = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgCMatrix")));
|
|
||||||
@@ -317,29 +317,29 @@
|
|
||||||
SET_SLOT(spm, Rf_mkChar("p"), slot_p);
|
|
||||||
|
|
||||||
for (i=0; i < sizeY + 1; i++)
|
|
||||||
INTEGER(slot_p)[i] = pptr[i];
|
|
||||||
|
|
||||||
- Free(pptr);
|
|
||||||
+ R_Free(pptr);
|
|
||||||
ptrP = NULL;
|
|
||||||
|
|
||||||
slot_i = PROTECT(Rf_allocVector(INTSXP, nextFree));
|
|
||||||
SET_SLOT(spm, Rf_mkChar("i"), slot_i);
|
|
||||||
|
|
||||||
for (i=0; i < nextFree; i++)
|
|
||||||
INTEGER(slot_i)[i] = iptr[i];
|
|
||||||
|
|
||||||
- Free(iptr);
|
|
||||||
+ R_Free(iptr);
|
|
||||||
ptrI = NULL;
|
|
||||||
|
|
||||||
slot_x = PROTECT(Rf_allocVector(REALSXP, nextFree));
|
|
||||||
SET_SLOT(spm, Rf_mkChar("x"), slot_x);
|
|
||||||
|
|
||||||
for (i=0; i < nextFree; i++)
|
|
||||||
REAL(slot_x)[i] = xptr[i];
|
|
||||||
|
|
||||||
- Free(xptr);
|
|
||||||
+ R_Free(xptr);
|
|
||||||
ptrX = NULL;
|
|
||||||
|
|
||||||
numProtect += 3;
|
|
||||||
|
|
||||||
UNPROTECT(numProtect);
|
|
||||||
@@ -451,23 +451,23 @@
|
|
||||||
|
|
||||||
void freeHeapLinearKernelC()
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (ptrP != NULL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
- Free(ptrP);
|
|
||||||
+ R_Free(ptrP);
|
|
||||||
ptrP = NULL;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (ptrI != NULL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
- Free(ptrI);
|
|
||||||
+ R_Free(ptrI);
|
|
||||||
ptrI = NULL;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (ptrX != NULL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
- Free(ptrX);
|
|
||||||
+ R_Free(ptrX);
|
|
||||||
ptrX = NULL;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
@ -1,12 +1,16 @@
|
||||||
#!/usr/bin/env python3
|
#!/usr/bin/env python3
|
||||||
from lilaclib import *
|
from lilaclib import *
|
||||||
|
|
||||||
|
import os
|
||||||
|
import sys
|
||||||
|
sys.path.append(os.path.normpath(f'{__file__}/../../../lilac-extensions'))
|
||||||
|
from lilac_r_utils import r_pre_build
|
||||||
|
|
||||||
def pre_build():
|
def pre_build():
|
||||||
for line in edit_file('PKGBUILD'):
|
r_pre_build(
|
||||||
if line.startswith('_pkgver='):
|
_G,
|
||||||
line = f'_pkgver={_G.newver}'
|
expect_license = "GPL (>= 2.1)",
|
||||||
print(line)
|
)
|
||||||
update_pkgver_and_pkgrel(_G.newver.replace(':', '.').replace('-', '.'))
|
|
||||||
|
|
||||||
def post_build():
|
def post_build():
|
||||||
git_pkgbuild_commit()
|
git_pkgbuild_commit()
|
||||||
|
|
|
||||||
|
|
@ -6,14 +6,16 @@ repo_depends:
|
||||||
- r-apcluster
|
- r-apcluster
|
||||||
- r-biostrings
|
- r-biostrings
|
||||||
- r-e1071
|
- r-e1071
|
||||||
- r-iranges
|
|
||||||
- r-kernlab
|
- r-kernlab
|
||||||
- r-liblinear
|
- r-liblinear
|
||||||
- r-rcpp
|
- r-rcpp
|
||||||
- r-s4vectors
|
- r-s4vectors
|
||||||
- r-xvector
|
- r-xvector
|
||||||
|
repo_makedepends:
|
||||||
|
- r-iranges
|
||||||
update_on:
|
update_on:
|
||||||
- regex: kebabs_([\d._-]+).tar.gz
|
- source: rpkgs
|
||||||
source: regex
|
pkgname: kebabs
|
||||||
url: https://bioconductor.org/packages/kebabs
|
repo: bioc
|
||||||
|
md5: true
|
||||||
- alias: r
|
- alias: r
|
||||||
|
|
|
||||||
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